之前用hisat2嘗試處理RNA-seq數(shù)據(jù)，這里使用tophat2

1.使用前建立index

使用bowtie2建立index

bowtie2-build genome.fa bowtie2index/genome

genome.fa是基因組fasta文件?

bowtie2index 是index存儲目錄

genome是index的前綴、

注意：程序運(yùn)行完后genome.fa文件要放在bowtie2index目錄中，tophat2軟件才能正確運(yùn)行。

2.將readmapping到參考基因組

tophat2 -p 8 -G genes.gtf -o . bowtie2index/genome ${i}.QC.1.fq.gz ${i}.QC.2.fq.gz | samtools view -h -q 10 -@ 20 | samtools sort -@ 20 -m 1G -o q10.bam

-p ：指定線程數(shù)

-G ：指定已有的基因組注釋信息，gtf或gff文件；

-o ：指定輸出目錄，默認(rèn)為”./tophat_out“；

后面加上索引文件：與前面的bowtie2建立的索引相對應(yīng)，只取前綴名。

最后加上fastq文件：filename.fq；如果是雙端測序則是filename_1.fq和filename_2.fq 兩個(gè)文件。

3.我喜歡用featurecount計(jì)算count數(shù)目

featureCounts -p -t exon -g gene_id -M -T 8 -a genes.gtf -o featurecounts.txt q10.bam

4.差異表達(dá)使用DESeq2 流程見RNA-seq數(shù)據(jù)分析 09：DESeq2差異表達(dá)分析 - 知乎 (zhihu.com)

參考：

[轉(zhuǎn)載]RNAseq: TopHat2 + Cufflinks分析流程 - 簡書 (jianshu.com)

RNA-seq數(shù)據(jù)分析 09：DESeq2差異表達(dá)分析 - 知乎 (zhihu.com)

著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。