教你用科學雜志喜歡的配色作圖——R包ggsci

ggsci是ggplot的主題包,它提供一系列高質量的調色板,其靈感來自于科學期刊、數據可視化庫、科幻電影和電視節目中使用的顏色。ggsci中的調色板可以作為ggplot2?scales使用。

所有調色板通用格式為:

scale_color_palname()

scale_fill_palname()

使用的時候將palname替換為調色板的名稱即可

目前ggsci一共含有18中配色方案,具體目錄如下:

以點圖和柱狀圖為例,展示部分調色板的顏色:

首先畫一個點圖和柱狀圖:

library("ggsci")

library("ggplot2")

library("gridExtra")

data("diamonds")

p1 =ggplot(subset(diamonds, carat >=2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut)) +?geom_point(alpha=0.7) +?geom_smooth(method="loess", alpha =0.05, size =1, span =1) +?theme_bw()

p2 =ggplot(subset(diamonds, carat >2.2&depth >55&depth <70),aes(x = depth, fill = cut)) +?geom_histogram(colour="black", binwidth =1, position ="dodge") +?theme_bw()

NPC調色板的靈感來源于NATURE

p1_npg =p1+scale_color_npg()

p2_npg =p2 +scale_fill_npg()

grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol =2)

AAAS?調色板的靈感來源于Science

?p1_aaas =p1 +scale_color_aaas()

p2_aaas =p2 +scale_fill_aaas()

grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol =2)

NEJM調色板的靈感來源于新英格蘭醫學雜志

p1_nejm =p1 +scale_color_nejm()

p2_nejm =p2 +scale_fill_nejm()

grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol =2)

Lancet調色板的靈感來源于柳葉刀雜志

p1_lancet =p1 +scale_color_lancet()

p2_lancet =p2 +scale_fill_lancet()

grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol =2)

JAMA調色板的靈感來源于美國醫學協會雜志

p1_jama =p1 +scale_color_jama()

p2_jama =p2 +scale_fill_jama()

grid.arrange(p1_jama, p2_jama, ncol =2)

其他調色板

JCO調色板的靈感來源于臨床腫瘤雜志。

UCSCGB調色板的靈感來源于UCSC 基因組瀏覽器,用于表示染色體的顏色。

D3調色板的靈感來源于D3.js使用的分類顏色。有四種調色板類型(category10、category20、category20b、category20c)。

LocusZoom調色板的靈感來源于LocusZoom網站,其提供GWAS結果的快速可視化。

IGV調色板來自整合基因組查看器用于表示染色體的顏色。

UChicago調色板的靈感來源于芝加哥大學。

StarTrek調色板的靈感來源于《星際迷航》。

TronLegacy調色板的靈感來源于《創戰記》,它適用于在使用暗主題時顯示數據。

Futurama調色板的靈感來源于電視《Futurama》。

Rick and Morty調色板的靈感來源于電視《 Rick and Morty》。

TheSimpsons調色板的靈感來源于電視《辛普森一家》。

此外,對于非ggplot2的圖,ggsci還提供把調色板的顏色單獨提取成顏色代碼。

例如:從NPC調色板中提取9個顏色

mypal =pal_npg("nrc", alpha =0.7)(9)

mypal

系統給出的NPC調色板中的9個顏色為:

## [1] "#E64B35B2" "#4DBBD5B2""#00A087B2" "#3C5488B2" "#F39B7FB2""#8491B4B2"

## [7] "#91D1C2B2" "#DC0000B2" "#7E6148B2"

具體的顏色展示為:

library("scales")

show_col(mypal)



資料來源:

https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html#introduction

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