一七八七年五月的第二周，費城召開了十二個殖民地代表參加的制憲會議。會議期間，駐英公使亞當斯和駐法公使杰弗遜都沒能到會。但他們用通信的方式，把各自的建國理念傳遞給了制憲會議。杰弗遜寫到“我非常贊賞構造這樣一個全國政府的想法：那個政府必須是一個獨立和平地運行的政府，它不需要依賴各州的立法機構。它應有立法，司法，和行政構成。立法部門必須有征稅權，眾院必需由人民直接選舉。我也贊賞大州與小州之間的妥協；我非常贊賞選舉人制；還有給予行政當局的否決權，并以兩院各自的三分之一票數為界。杰弗遜主張尊重多數，麥迪遜在他的尊重多數后面加上了保護少數，以防止民主成為多數專制的暴民政治。杰弗遜的政治理念就這樣融入了《美國憲法》。
一七九零年到一七九三年，杰弗遜出任美國第一任國務卿。杰弗遜的建國理念是以農業為本，保障農民的基本利益，建立一個有著純樸道德風尚的國家。因此，他極力反對中央集權并堅持州權。這一理念與時任財長的漢密爾頓(Alexander Hamilton)的工業建國，中央集權的強國理念完全對立。為此，杰弗遜和漢密爾頓在內閣中互不相讓。兩人在首都選址和聯邦債務問題上達成了美國歷史上的第一筆政治交易。以后在建立央行和對法國革命和英國的關系問題上，杰弗遜和漢密爾頓產生了嚴重的分歧。華盛頓再三考慮后決定采納漢密爾頓的意見。杰弗遜接著又對漢密爾頓的國稅法進行攻擊。杰弗遜還出資讓國務院法文譯員弗雷澤辦報攻擊漢密爾頓的大聯邦政策，被漢密爾頓指責說他身為聯邦政府公務員，竟然出資出版報紙來攻擊政府和其政策，實在是不道德。所有這一切，使得杰弗遜對聯邦政府灰心喪氣，于一七九三年，辭去了國務卿的職務。在野期間，杰弗遜并沒有閑著，他把各大城市和農村中反對聯邦黨人的人們聯合起來，組成了反對黨——民主共和黨（Democratic-Republican）。
一七九七年，杰弗遜當選為第二屆總統亞當斯的副總統。杰弗遜和亞當斯的政見不同，但因其副總統職務的原因，杰弗遜對當時的政治幾乎沒有影響。
一八零零年的大選對新生的美國來說至關重要。因為這次大選是美國歷史上第一次政權在不同黨派間的交接。由于漢密爾頓和亞當斯的不和造成了聯邦黨的分裂，民主共和黨大行其道。民主共和黨兩位總統侯選人杰弗遜和伯爾(Aaron Burr)各獲七十三票。漢密爾頓操縱眾院中的聯邦黨(Federalist)，使杰弗遜在第三十六次投票時勝出，成為合眾國第三屆總統。但是政權交接還是個問題，要是掌權的聯邦黨人拒不交權，而以武力對抗的話，新生的合眾國很可能就此消亡。好在當政的聯邦黨人只是把大量的聯邦黨人安插在了各級司法部門，以平衡民主共和黨在行政和立法機構的勢力。
一八零一年初，杰弗遜來到參議院，與副總統伯爾握手。然后，杰弗遜在聯邦最高法院首席大法官，他一生的政敵，遠房侄子約翰?馬歇爾的主持下，宣誓就任美國第三屆總統。杰弗遜是第一位在首都華盛頓宣誓就職的總統。杰弗遜一上任就打破了前兩屆政府的繁文縟節。因為他喪妻后再沒續弦，他就請國務卿麥迪遜的夫人多麗做白宮宴會的主人。杰弗遜從不干擾閣員的工作，在他的內閣內實行民主，他自己也僅有一票的發言權。這樣一來杰弗遜的內閣幾乎沒有內部紛爭，閣員之間非常和諧。重大事件發生的時侯，每位閣員都有機會發表自己的意見。
杰弗遜任上的最大的事件是“路易斯安納購買案”(Louisiana Purchase)。這里的“路易斯安納”包括現在的阿肯色，科羅拉多，南北達科達，堪薩斯，路易斯安納，明尼蘇達，密蘇里，蒙大拿，內布拉斯加，俄克拉荷馬和懷俄明。當時，美國南部重要港口密西西比河的入海口新奧爾良是西班牙殖民地。西班牙是個弱國，美國可以不在意。但在拿坡侖得到了新奧爾良后，就不一樣了。法國有強大的海軍，可以輕而易舉地把新奧爾良港關閉起來，從而切斷密西西比河的入海口，也就切斷了美國中西部和西南部的經濟命脈。因此，新奧爾良對美國的民生至關重要。為此，杰弗遜和國務卿麥迪遜悄悄地給了美國駐法公使利文斯頓二百萬法郎讓他在巴黎活動，以謀求從法國手中購買佛羅里達和新奧爾良及周邊地區。沒過多久，杰弗遜又授命特使門羅以五千萬法郎的價格購買這一地區。一八零三年，正值英法交戰，利文斯頓在法國等了很久才有機會見到臭名昭著的法國外交大臣塔列朗（CharlesMauricedeTalleyrand-Perigord）。一見面，塔列朗就問利文斯頓有沒有錢，利文斯頓是一名正人君子，不知是沒明白還是被塔列朗的索賄行為震驚了，一時不知如何是好。同時，在英法海戰中拿坡侖敗北了，拿坡侖放棄了他世界帝國的幻想，新奧爾良對法國的意義就不大了。于是，拿坡侖認為不如趁早把這一地區賣掉以換取他在歐洲戰場上所需的軍費。沒幾天，塔列朗就命人找來利文斯頓，開門見山地問：“你們是不是要整個路易斯安納？”利文斯頓回答說：“我們只是想要佛羅里達和新奧爾良及周邊地區。”塔列朗：“要是把整個路易斯安納地區都給你們，你們愿出多少錢。”利文斯頓毫無準備，又沒有總統指示，他出了一個低價二千萬法郎，塔列朗認為價錢太低。第二天，門羅到了巴黎，帶來了總統和國務卿的指示，兩人商量了一個新價錢。四月十三日，法國財長馬伯華接見了利文斯頓，要一億法郎，經過幾次討價還價，四月底終于以六千萬法郎成交。約合一千五百萬美元。五月二日，雙方簽約。杰弗遜和麥迪遜怕拿坡侖改變主意，力促參院通過該條約，十月十七日，參院以二十四對七票通過該條約。年底將近，美國得到了一份圣誕大禮，舉手之間，美國的領土增加了一倍。不過在這件事上杰弗遜違背了憲法精神，未經國會批準就與法國簽約，事后再要求參院批準。
杰弗遜還是美國海軍的奠基人。海軍部成立于亞當斯的總統任期內。但是美國海軍是在與非洲海盜的戰爭中（一八零一年至一八零五年）成長起來的。當時摩洛哥、阿爾及爾、的黎波里和突尼斯的海盜一直劫掠船只，搶奪財物。向海盜交保護費比開戰便宜，大多數國家為了和平與貿易都向非洲海盜交保護費。杰弗遜原則上反對交保護費，到了一八零一年五月，非洲海盜要求提高保護費金額。杰弗遜拒絕后，他們向美國宣戰。美國重整海軍派去軍艦，開始時沒有起什么作用。一八零三年，海盜捕獲了“費城”號軍艦，將船上炮火轉向美國其他軍艦。一八零四年，海軍上尉斯蒂芬?迪凱特（StephenDecatur）出其不意地突襲，燒毀了“費城”號。杰弗遜乘勝追擊，將所有可以調遣的軍艦船只派往該地。戰局對海盜很不利，一八零五年，非洲海盜同意不再索要保護費。但是，“費城”號上的軍官和船員依然滯留在非洲，被扣為人質。為了他們能夠被釋放，杰弗遜同意向非洲海盜支付六萬美元的贖金。美國繼續向其他三個國家的海盜交納保護費，直到一八一五年才停止。
在杰弗遜的任內，他通過維護言論自由，給美國帶來了巨大的精神財富。當時無論是競選還是參政，造輿論靠的就是報紙。在杰弗遜的政敵和一些別有用心的人利用報紙對他進行造謠中傷，惡意攻擊時，杰弗遜以極大的耐心和民主修養對待之，他從沒用任何法律和行政手段去干擾輿論。杰弗遜懂得，言論自由的考驗不在于理論而在于實踐，他說新聞自由是政府的守護神。
對杰弗遜攻擊最甚的是一位來自蘇格蘭的記者詹姆斯?卡倫德（JamesTCallender），卡倫德是杰弗遜在與聯邦黨人論戰中自己扶植起來的。卡倫德對華盛頓，亞當斯和漢密爾頓等人的攻擊太過下流，自己都感到走的太遠了。為了避免被起訴，卡倫德從費城躲到了里士滿。在杰弗遜等民主共和黨人的庇護下，里士滿是他的避難所。后來聯邦法院將卡倫德投入了監獄。在杰弗遜第一任總統任期內，卡倫德出獄了。他向杰弗遜要官，杰弗遜沒答應，于是他開始在報上攻擊杰弗遜。一八零一年九月，卡倫德在《里士滿紀錄報》上寫到“杰弗遜，這位道貌岸然的人多年來一直有一位黑人姘頭，她叫莎麗，還為我們的總統生過好幾個黑崽仔。”這位黑人莎麗?海敏斯(SallyHemings)是杰弗遜岳父同其黑奴的產物。是杰弗遜妻子的同父異母妹妹。在杰弗遜任駐法公使期間，她作為一名黑奴跟杰弗遜一起在巴黎。從法國回來后，莎麗生了好幾個孩子，而且一眼就能看出來他們都是混血兒。這件事讓杰弗遜非常氣憤，但他不愿意反駁卡倫德，他在與朋友的通信中否定了這件事。據歷史學家的考證，那位讓莎麗懷孕生子的人是杰弗遜的內侄彼得?卡爾(Peter Carl)。
一八零七年三月，杰弗遜簽署法令廢除奴隸貿易，規定自一八零八年一月一日起禁止奴隸販買到美國。盡管內戰之前，仍有奴隸被賣到美國，但人數大為減少。
一八零九年三月，杰弗遜卸任回到了蒙蒂塞洛。作為一名職業政治家，杰弗遜功成身退，在那里他希望能享受退休后的閑暇生活。離開華盛頓時，他欠了一大筆債。他只有靠莊園里的農作物、面粉和釘子的銷售利潤來還債。一八一五年，英軍燒毀了國會大廈，杰弗遜將六千冊藏書賣給政府，得到了一筆錢用以還債。這些書成為新國家圖書館的核心藏書。退休后，杰弗遜寫了大量書信，通過書信和醫生拉什（BenjaminRush），恢復了與亞當斯的友誼。杰弗遜還創建了弗吉尼亞大學（UniversityofVirginia）。他設計了大樓，指揮施工，擬定課程，取消了宗教教育，還親任校長。他引進了選修課制度，讓學生有了選擇科目的自由。弗吉尼亞大學于一八二五年開學。
杰弗遜于一八二六年七月四日中午在蒙蒂塞洛去世。死因是風濕和前列腺增大，在生命中最后幾個月里，杰弗遜忍受著巨大的痛苦。一八二六年獨立日那天，杰弗遜平靜地離開了人世。亞當斯在幾個小時后去世。僅有的兩位成為總統的《獨立宣言》的簽署者同時在《獨立宣言》五十周年那天去世。在簡單的葬禮之后，杰弗遜被安葬在蒙蒂塞洛的家族墓地里。杰弗遜在自己設計的墓碑上寫到：“這里埋葬的是托馬斯?杰弗遜，《獨立宣言》和《弗吉尼亞宗教自由法》的起草者和弗吉尼亞大學之父。”杰弗遜沒有提及他當過總統。
讓我們從杰弗遜身上看看啟蒙學說在政治思想史上的影響。啟蒙學說對杰弗遜和當時人們的影響有三方面：科學，政治，倫理。啟蒙學說中占據最高地位的是理性，換句話說，啟蒙學說的信徒們認為從人的理性出發可以解決世間一切問題。人們不需要宗教，經驗和傳統，理性可以解釋和解決一切。在杰弗遜和北美的啟蒙學說信徒們的手里，理性在三方面被發揚光大了：一是用來揭穿倫理，社會，和政治中的荒謬之處，在這上面，啟蒙學說對傳統和宗教的攻擊所向無敵；二是從理性為人性中的最高要素出發，來尋找為何理性未能在人類事物中起主導作用的原因；三是從理性出發建立一套全新的倫理體系和政治制度。因為理性在科學中取得了巨大的成就，這一切因此就有了很大的可能性。這里啟蒙學說信徒們有這樣一個假定：理性在非科學領域里和在科學領域里同樣有效。但理性的人不禁要問：人類的經驗和傳統真的充滿了謬誤與迷信嗎？理性真的能解釋并解決人類面臨的所有的問題嗎？如果理性真的那么有效，那么啟蒙學說和柏拉圖學說又有什么區別呢？啟蒙學說除了拋棄了柏拉圖學說中的精英主義之外，這兩種學說沒多大區別。但杰弗遜和當時北美的啟蒙思想家們對這些都不在意。他們從理性出發建立了全新的倫理和政治理論，再由這些理論著手建立了一套全新的政治制度。從這一點來看，杰弗遜和他同時代的美國國父們的事業極具首創性和重要性，他們的的確確創造了一個奇跡，那就是在北美的政治生活中用一套全新的政治制度實現了啟蒙學說的政治理想。
2009年8月
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