啟用Docker虛擬機GPU,加速深度學習

https://blog.csdn.net/mogoweb/article/details/80633235

這篇深度學習環境配置有兩個關鍵詞,一個是Docker虛擬機,另一個是GPU加速。

開始之前

Docker虛擬機

首先說一下Docker虛擬機。為什么需要虛擬機?不知道你是否有過這樣的經歷,在github上看到一個有趣的開源項目,把代碼下載下來,按照項目上的說明編譯運行,結果發現怎么也不能成功。

或者反過來,你開發了一個不錯的項目,丟到github,并把編譯步驟盡可能詳細的寫了出來,然而還是有一堆開發者發布issue,說代碼編譯運行存在問題。你也很無辜啊,明明在我這兒好好的,怎么到了別人那里就狀況百出呢?

為什么會出現這個狀況?主要是軟件行業講究快速迭代,快步向前,軟件會不停更新。就拿TensorFlow來說,從發布到現在,不知道更新了多個版本。雖然作為軟件開發者會盡力保證向前兼容,但實際上很難做到完美兼容。為了解決這一兼容問題,就有必要使用到虛擬機,現在很多開源項目都會提供一個虛擬機文件,里面包含了所有項目所需的軟件包和環境。

GPU加速

接下來說一下GPU加速。使用Docker虛擬機解決了開發環境問題,但同時又引入了另一個問題:虛擬機通常無法啟用GPU。我們知道,深度學習屬于計算密集型應用,特別是在訓練模型階段,往往需要花上幾個小時甚至幾十天的時間來訓練一個模型,開啟與不開啟GPU往往有幾十倍的性能差距。作為一名嚴肅的深度學習開發者,非常有必要使用一臺帶GPU的高性能計算機,并開啟GPU支持。

那么問題來了,如何既享受Docker虛擬機帶來的環境隔離的便捷,又能體驗到GPU加速帶來的性能提升?

有問題,自然會有人站出來提供解決方案。Nvidia公司就為自家的N卡提供了解決方案:nvidia-docker。下面就說說Nvidia的配置方案是怎樣的。

聲明

在開始之前作如下聲明:

  • 本文針對的是Nvidia顯卡的配置說明,如果你用的是ATI顯卡或其它品牌顯卡,請出門右轉找Google
  • 本文針對的是Ubuntu系統的配置說明,這不表示其它操作系統就無法配置,如果你使用的是其它操作系統,請自行百度。
  • 本文的實踐環境是Ubuntu 16.04 64位操作系統和GTX 960顯卡,其他版本的Ubuntu或者其他型號的Nvidia顯卡,理論上也是適用的,但無法百分之百保證,可能有些步驟需要稍作修改。

在宿主(Host)主機上安裝CUDA

CUDA(Compute Unified Device Architecture)是一種由NVIDIA推出的通用并行計算架構,該架構使GPU能夠解決復雜的計算問題。

你的顯卡支持CUDA嗎?

首先確認一下顯卡型號,在Linux系統上可以使用lspci命令:

lspci | grep VGA01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GM206 [GeForce GTX 960] (rev a1)

可以看出,我的顯卡型號是GeForce GTX 960,前往Nvidia的CUDA GPUs頁面,可以查到,基本上所有的N卡都支持CUDA,自然我的GeForce GTX 960也支持。

安裝最新的CUDA

CUDA的版本一直在更新,截至我寫這篇文章的時候,最新版本是9.2。當然安裝老版本也是可以的,不過我一直秉承著裝新不裝舊的原則,通常都會選擇最新版本。

按照Nvidia的安裝指導,進行如下操作:

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1604/x86_64/cuda-repo-ubuntu1604_9.2.88-1_amd64.debsudo dpkg --install cuda-repo-ubuntu1604_9.2.88-1_amd64.debsudo apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1604/x86_64/7fa2af80.pub

然而,在安裝時提示以下錯誤:

gpgkeys: protocol `https' not supported

解決方法也很簡單,將所需的包裝上:

sudo apt install gnupg-curl

接下來,就可以像安裝普通的ubuntu軟件包那樣安裝cuda:

sudo apt-get updatesudo apt install cuda

你可以倒杯咖啡,慢慢品嘗,這個步驟可能會花一點時間,畢竟有差不多3GB的軟件包需要下載。

更新環境變量

為了避免每次都設置環境變量,建議將如下環境變量設置加入到~/.bashrc(或~/.profile)文件中:

# for nvidia CUDAexport PATH="/usr/local/cuda-9.2/bin:$PATH"export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-9.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"

要讓環境變量立即生效,可以先注銷,然后再登錄進來。或者執行如下命令:

source ~/.bashrc

NVIDIA持久守護進程

這一步驟做的事情我并不是十分理解,作用大體上是即使沒有客戶端連接到GPU,持久守護程序也會保持GPU初始化,并保持CUDA任務的狀態。文檔要求這樣做,我們還是照做好了。

首先新建/usr/lib/systemd/system目錄:

sudo mkdir /usr/lib/systemd/system

然后新增/usr/lib/systemd/system/nvidia-persistenced.service文件,其內容:

[Unit]Description=NVIDIA Persistence DaemonWants=syslog.target [Service]Type=forkingPIDFile=/var/run/nvidia-persistenced/nvidia-persistenced.pidRestart=alwaysExecStart=/usr/bin/nvidia-persistenced --verboseExecStopPost=/bin/rm -rf /var/run/nvidia-persistenced [Install]WantedBy=multi-user.target

最后啟用該服務:

sudo systemctl enable nvidia-persistenced

禁用某些UDEV規則

某個udev規則(物理設備和系統之間的接口)會阻止NVIDIA驅動程序正常工作。為此,編輯/lib/udev/rules.d/40-vm-hotadd.rules,注釋掉memory子系統規則:

# SUBSYSTEM=="memory", ACTION=="add", DEVPATH=="/devices/system/memory/memory[0-9]*", TEST=="state", ATTR{state}="online"

驗證CUDA是否工作

重啟機器,嘗試編譯CUDA示例來驗證CUDA是否正常安裝??梢允褂萌缦旅畎惭bCUDA示例代碼:

cuda-install-samples-9.1.sh ~

其中 ~ 代表將代碼安裝到HOME目錄下,當然你也可以安裝到別的位置。

接下來就是編譯示例代碼:

cd ~/NVIDIA_CUDA-9.2_Samples/make

你又可以來杯咖啡了,取決于你電腦的CPU,這一步驟可能需要幾十分鐘的時間。

編譯完成后,運行其中的一個示例程序:

./bin/x86_64/linux/release/deviceQuery | tail -n 1

如果輸出Result = PASS就表示CUDA是正常工作的。

安裝NVIDIA Docker

首先加入nvidia-docker包列表:

curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/gpgkey | sudo apt-key add -curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/ubuntu16.04/amd64/nvidia-docker.list | \    sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-docker.list sudo apt-get update

接下來,確保你的機器上安裝的是最新的docker-ce,這意味著如果你之前安裝了docker-engine, docker.io,需要先卸載。別擔心,這些都是docker家族的成員,只不過在不同時候取了不同的名稱,最新的docker-ce是這些版本的升級版:

# remove all previous Docker versionssudo apt-get remove docker docker-engine docker.io # add Docker official GPG keycurl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - # Add Docker repository (for Ubuntu Xenial)sudo add-apt-repository \    "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu xenial stable" sudo apt-get updatesudo apt install docker-ce

有了最新的docker,最后來安裝nvidia-docker:

# Install nvidia-docker2 and reload the Docker daemon configurationsudo apt-get install -y nvidia-docker2sudo pkill -SIGHUP dockerd

驗證nvidia-docker

進行到這一步,nvidia-docker安裝完畢,那如何檢驗nvidia-docker正確安裝了呢?

我們可以啟動nvidia提供的docker鏡像,里面有一個實用程序nvidia-smi,它用來監視(并管理)GPU:

docker run --runtime=nvidia --rm nvidia/cuda nvidia-smi

如果得到形如如下的輸出,就說明docker容器GPU已經啟用。

[圖片上傳失敗...(image-77dfbd-1552302606190)]

你還可以做一個測試,看看CPU與GPU之間到底有多大的差距。下面是一段來自learningtensorflow.com的基準測試腳本:

import sysimport numpy as npimport tensorflow as tffrom datetime import datetime device_name = sys.argv[1]  # Choose device from cmd line. Options: gpu or cpushape = (int(sys.argv[2]), int(sys.argv[2]))if device_name == "gpu":    device_name = "/gpu:0"else:    device_name = "/cpu:0" with tf.device(device_name):    random_matrix = tf.random_uniform(shape=shape, minval=0, maxval=1)    dot_operation = tf.matmul(random_matrix, tf.transpose(random_matrix))    sum_operation = tf.reduce_sum(dot_operation) startTime = datetime.now()with tf.Session(config=tf.ConfigProto(log_device_placement=True)) as session:        result = session.run(sum_operation)        print(result) # It can be hard to see the results on the terminal with lots of output -- add some newlines to improve readability.print("\n" * 5)print("Shape:", shape, "Device:", device_name)print("Time taken:", str(datetime.now() - startTime))

在當前目錄下創建內容如上的python文件:benchmark.py,然后啟動支持GPU的tensorflow docker鏡像,運行該tensorflow程序:

docker run \    --runtime=nvidia \    --rm \    -ti \    -v "${PWD}:/app" \    tensorflow/tensorflow:latest-gpu \    python /app/benchmark.py cpu 10000

上面的命令是CPU版本的,運行完之后,將命令中的cpu參數修改為gpu,再運行一次。

在我的機器上,結果分別為:

CPU: ('Time taken:', '0:00:15.342611')GPU: ('Time taken:', '0:00:02.957479')

也許你會覺得就十幾秒的差距,也沒啥?要知道,這可是差不多7倍的差距。加入你的深度學習項目采用GPU需要24個小時,那么不啟用GPU則需要一周的時間,這個還是有著巨大的差距的。

參考

  1. Using NVIDIA GPU within Docker Containers
  2. CUDA Quick Start Guide
  3. NVIDIA Container Runtime for Docker
  4. Docker for Ubuntu
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