今天繼續 跟著Nature Communications學畫圖系列第二篇。學習R語言基礎繪圖函數畫散點圖。
對應的 Nature Communications 的論文是 Fecal pollution can explain antibiotic resistance gene abundances in anthropogenically impacted environments
這篇論文數據分析和可視化的部分用到的數據和代碼全部放到了github上 https://github.com/karkman/crassphage_project
非常好的R語言學習素材。
今天學習Figure1中被紅色框線圈住的散點圖
image.png
第一部分先收一下上一篇文章的尾
https://mp.weixin.qq.com/s/dFM1bJoEGPjWhEFTaQ0Krg
跟著Nature Communications學畫圖~ Figure1 ~基礎繪圖函數箱線圖
這篇文章中有人留言說 和原圖不是很像，因為配色沒有按照論文中提供的代碼來。
下面是完全重復論文中的代碼
cols <- c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73")
boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,col=cols,
axes=F,xlab=NULL,ylab=NULL,
horizontal = T)
axis(2,at=c(1,2,3),labels=c("China", "Europe", "US"),las=1)
title("a",adj=0,line=0)
image.png
第二部分 基礎繪圖函數散點圖
- 讀入數據
HMP<-read.table("data/HMP.txt")
- 最基本的散點圖
plot(rel_res~rel_crAss,data=HMP)
image.png
畫圖用plot()函數，需要指定畫圖用到的變量y和x，還有畫圖用到的數據data
原始代碼分別對 rel_res 和 rel_crAss取了log10
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss),data=HMP)
image.png
取log10以后可以看到散點分布的更加均勻了。
接下來就是對圖進行美化了
- 按照國家分組填充顏色
cols <- c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
bg=cols[as.factor(HMP$country)],pch=21)
image.png
- 更改點的大小
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
bg=cols[as.factor(HMP$country)],pch=21,cex=2)
image.png
- 更改x軸和y軸的標簽
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP, bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)", cex=2)
image.png
- 更改坐標軸的范圍
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)",
cex=2,
ylim=c(2.5, 4.5))
image.png
接下來將箱線圖和散點圖按照上下拼接到一起，用到的是par(fig=c(a,b,c,d)),這里需要滿足 a<b,c<d
具體可以參考鏈接
https://blog.csdn.net/qingchongxinshuru/article/details/52004182
par(fig=c(0,1,0,0.75))
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)",
cex=2,
ylim=c(2.5, 4.5))
par(fig=c(0,1,0.5,1),new=T)
boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,col=cols,
axes=F,xlab=NULL,ylab=NULL,
horizontal = T)
axis(2,at=c(1,2,3),labels=c("China", "Europe", "US"),las=1)
title("a",adj=0,line=0)
image.png
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