grep

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只要出現gene字眼都查找出

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精確查找，一個單詞一個單詞的搜索

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用于找文件前綴

到file文件里面查找關鍵詞
grep -w -f file

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-n顯示行號

正則表達式

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• 只查找以“T”開頭的行

  
  

• 模糊匹配的方法 f*ee

  
  
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• grep 'f?ee' 其中 \是轉義符
  表示f可以出現0次或1次， 查找fee 或者ee

• • 匹配1次或多次
    grep 're+'
    表示e可以出現1次或多次，查找 ree, re, ree等

• {n}匹配n次

  
  
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• 列出以*結尾的文件

  
  
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• 一般情況下*可以當做通配符

• *表示出現0次或者1次

  
  
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sed

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a命令.png

在第一行和第二行前面加一行.png

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1，練習題目

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從第二行開始，使用y函數，ATCG對應TAGC，如果想要保存，利用重定向命令

awk

awk定義

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循環語句

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先匹配外顯子的exon的行，第五列減去第四列

當用cut命令取第九列的時候，取得很多

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基因前后的空格都被分割了，取出來

所以需要重新定義分隔符

-F分隔符被重新定義為制表符

打印關于UTR的所有列出來

print和print end 類似于在開頭結尾加注釋

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