grep
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只要出現gene字眼都查找出
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精確查找,一個單詞一個單詞的搜索
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用于找文件前綴
到file文件里面查找關鍵詞
grep -w -f file
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-n顯示行號
正則表達式
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-
只查找以“T”開頭的行
-
模糊匹配的方法 f*ee
image.png grep 'f?ee' 其中 \是轉義符
表示f可以出現0次或1次, 查找fee 或者ee- 匹配1次或多次
grep 're+'
表示e可以出現1次或多次,查找 ree, re, ree等
- 匹配1次或多次
-
{n}匹配n次
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-
列出以*結尾的文件
image.png 一般情況下*可以當做通配符
-
*表示出現0次或者1次
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sed
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a命令.png
在第一行和第二行前面加一行.png
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1,練習題目
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從第二行開始,使用y函數,ATCG對應TAGC,如果想要保存,利用重定向命令
awk
awk定義
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循環語句
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先匹配外顯子的exon的行,第五列減去第四列
當用cut命令取第九列的時候,取得很多
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基因前后的空格都被分割了,取出來
所以需要重新定義分隔符
-F分隔符被重新定義為制表符
打印關于UTR的所有列出來
print和print end 類似于在開頭結尾加注釋
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