最近可能會用到圈圖，學習一下用R語言的circlize包繪制圈圖的方法，通過help（package="circlize"）查看幫助文檔看起來還有些吃力，還是按照原來的方法 先找一份能夠輸出完整結果的教程，不管懂不懂代碼，先重復完完整的流程再說
本次練習的代碼和數據merge_multiple_file.rar_免費高速下載|百度網盤-分享無限制
第一份教程#123 Circular plot – circlize package (2) – The R Graph Gallery
#安裝加載
install.packages("circlize")
library(circlize)
#準備數據
name=c(3,10,10,3,6,7,8,3,6,1,2,2,6,10,2,3,3,10,4,5,9,10)
feature<-paste("feature",c(1,1,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,5),sep="")
dat<-data.frame(name,feature)
dat<-with(dat,table(name,feature))
#一條命令出圖
chordDiagram(as.data.frame(dat),transparency=0.5)
顏色好像不太好看，那么問題就來了：1）如何更改配色呢？2）如何讓文字也帶上弧度呢？下一份教程應該可以解決這個問題，比較一下兩份教程之間代碼的差異應該可以找出更改配色和讓文字帶上弧度的代碼。（學英語學英語 chord 弦 ）
第二份教程plot - R make circle/chord diagram with circlize from dataframe - Stack Overflow
#準備數據
mat<-matrix(1:18,3,6)
rownames(mat)<-paste0("S",1:3)
colnames(mat)<-paste0("E",1:6)
rn<-rownames(mat)
cn<-colnames(mat)
factors<-c(rn,cn)
factors<-factor(factors,levels=factors)
col_sum<-apply(mat,2,sum)
col_sum
row_sum<-apply(mat,1,sum)
row_sum
xlim<-cbind(rep(0,length(factors)),c(row_sum,col_sum))
#繪圖
circos.par(cell.padding=c(0,0,0,0))
circos.initialize(factors=factors,xlim=xlim)
circos.trackPlotRegion(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.border=NA,
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? bg.col=c("red","green","blue",rep("grey",6)),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? track.height=0.05,
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? panel.fun=function(x,y){
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? sector.name=get.cell.meta.data("sector.index")
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xlim=get.cell.meta.data("xlim")
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? circos.text(mean(xlim),1.5,sector.name,adj=c(0.5,0))
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? })
col<-c("#FF000020","#00FF0020","#0000FF20")
for(i in seq_len(nrow(mat))){
? for(j in seq_len(ncol(mat))){
? ? circos.link(rn[i],c(sum(mat[i,seq_len(j-1)]),sum(mat[i,seq_len(j)])),
? ? ? ? ? ? ? ? cn[j],c(sum(mat[seq_len(i-1),j]),sum(mat[seq_len(i),j])),
? ? ? ? ? ? ? ? col=col[i],border="white")
? }
}
circos.clear()
這份教程代碼很長，而且代碼中涉及到了for循環，還是有些難理解，for循環這塊自己應該抽時間仔細學習一下，不過重復一遍還是有收獲的，現在基本能夠結合circlize幫助文檔簡單的畫出自己想要的結果
首先用 circos.initialize(factors=factors,xlim=c(0,10)) 命令初始畫布
然后 circos.track(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.col="grey",bg.border=NA,track.height=0.05) 畫出弧
factors參數設置想要畫幾段弧，xlim參數設置弧的長度，ylim參數設置弧的寬度，bg.border設置弧的邊框，bg.col設置弧的顏色，track.height參數目前還不太清楚是什么作用，比如我要畫五段弧，顏色灰色，弧沒有邊框
factors<-paste0("scaffold",1:5)
circos.initialize(factors=factors,xlim=c(0,10))
circos.track(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.col="grey",bg.border=NA,track.height=0.05)
然后可以添加一些文字，點或者相互連接的條帶，分別用circos.text(),circos.points(),circos.link()函數
circos.text(sector.index="scaffold1",x=5,y=-5,"scaffold1")
circos.link("scaffold2",c(1,5),"scaffold4",c(4,6),col="#FF000020")
circos.points(sector.index="scaffold5",x=1,y=-5,bg="red",cex=5,pch=16,col="red")
最后用circos.clear()函數結束本次繪圖！
PS:還是不知掉如何讓添加的文字帶有弧度；第二份教程還有兩幅圖非常漂亮，抽時間重復其代碼！！！希望可以找到給文字添加弧度的答案！
