反季節蔬菜遭遇病蟲害的機會更多，因為蔬菜容易對大棚內環境水土不服。而且其花期、坐果、成熟都為人工控制，所以安全性保障難度大，使用激素、過度使用化肥和農藥是難以控制的。
在2010年轟動一時的“海南毒豇豆”事件中，因普通農藥不易殺死鉆進豇豆里面的害蟲，為確保生產，農戶便冒險違規噴灑水胺硫磷，受污染的海南毒豇豆是反季節蔬菜。
正常陽光下光合作用的蔬菜，富含各種維生素包括鈣質。而大棚反季蔬菜營養為零。
大棚蔬菜也分兩種。
第一種是使用有機肥種植的反季節蔬菜，這種蔬菜無化學農藥，有國家標準之內的土壤、水分、空氣等生態環境，雖然違反了生命的自然生長狀態，但至少是沒有污染，無毒無害。相對來說，保全了一定的營養價值。
第二種是在大棚內使用化肥尤其是化學農藥的蔬菜，這種蔬菜比大棚內的有機蔬菜可能顏色更新鮮，更水嫩誘人。但這種蔬菜，放下農藥殘留的多與少不說，由于使用化學農藥制劑催生，無花期，無自然成果期，基本靠肥力，因為完全不尊重生命的自然規律，幾年之后，其營養價值，幾乎是零！
更何況，大棚內的反季節蔬菜是透過塑料薄膜或玻璃的陽光照射，第一年能保證有70%的陽光，兩三年之后就只有30%左右，這就使得本來就營養價值所剩不多的蔬菜更加“缺乏營養”了。
而反季節水果的問題也不少。
個頭碩大的草莓、鮮嫩欲滴的櫻桃……市面上有許多反季節問題水果。
這些水果不但營養價值不高，還可能給身體帶來很大危害，兒童尤其要謹慎食用，因為這些反季節水果很可能大量使用了激素。經常食用激素、催熟劑含量較高的反季節水果，對正處于生長發育階段的少年兒童來說存在極大隱患，女孩會出現初潮提前等性早熟現象，而男孩則會導致性特征不明顯等問題。
從種植角度講，反季節水果本身是不應該有任何危害的，它們一般在溫室或大棚里生長，并不需要使用激素。但為了增加產量，有些不法果農就經常過量使用植物生長調節劑等激素。這些激素可以促進果實發育、生長和早熟，并可增產20%左右。
“催”出來的反季節水果，雖然顏色可人，但里面的果肉還未成熟，看上去像好吃，但實際吃到嘴中不但嘗不到香甜的鮮味，而且水果中的營養成分也在“縮水”。
在這種情況下，消費者就要學會保護自己，盡量不吃反季節的果蔬。相較而言，應季蔬菜更加安全。
