本周最新文獻速遞20220306

本周最新文獻速遞20220306

一、精細解讀文獻 一

文獻題目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated with severe disease

不想看英文題目： 全基因組分析表明 ACE2 與 COVID-19 嚴重疾病風險相關

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

研究意義： 探究影響 COVID-19 的遺傳因素

結論：

  • 對來自 GHS、PMBB、UKB 和 AncestryDNA 四個隊列、5 個祖先群體的 52,630 名 COVID-19 個體和 704,016 名健康對照進行了全基因組關聯研究 (GWAS)，在七種風險/嚴重程度表型中，發現一個新的變異位點 rs190509934:C（MAF?=?0.3%, OR?=?0.60, 95% CI =?0.52–0.69, P =?4.5?× 10-13 ）與 COVID-19 風險相關；
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  • 利用 RNA 測序 (RNA-seq) 數據發現 rs190509934:C 可降低 ACE2 的表達水平；
  • 與非攜帶者相比，rs190509934:C 可減少 37% 的 ACE2 表達水平；
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  • 在前人發現的 8 個獨立信號中，有 6 個位點在本次研究被重復出來（p <?0.0012）；
  • 這 6 個位點中，其中 MHC 變異與哮喘和 2 型糖尿病（T2D）相關，ABO 變異與腎臟疾病和 T2D 相關；
  • 對哮喘、T2D 和腎臟疾病進行校正后，MHC 與 ABO 變異仍與 COVID-19 顯著相關，說明哮喘、 T2D 和腎臟疾病不是導致 MHC 與 ABO 變異 與 COVID-19 顯著相關的原因；
  • 在 6 個位點中，4 個（LZTFL1、MHC、DPP9 和 IFNAR2）與 COVID-19 個體的較差結局（比如呼吸衰竭和死亡）顯著相關（ P < 0.05），而 ABO 和 SLC6A20與 COVID-19 嚴重程度無關；
  • 對感染 SARS-CoV-2 的個體進行加權遺傳風險評分 (GRS)，發現在歐洲個體中，高 GRS（前 10%）的個體住院風險和嚴重疾病風險分別增加 1.38 倍（95% CI = 1.26–1.53，P ?= 6 × 10-11）和 1.58 倍（95% CI = 1.36-1.82，P ?= 7 × 10-10）。在其他血統中，高 GRS 則增加住院風險；
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  • 對臨床危險因素分層分析后，發現高 GRS（前 10%）個體仍與嚴重疾病風險相關，說明 GRS 具有識別發展成嚴重疾病風險的 COVID-19 病例的潛在能力。
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  • 基于此，作者對所有風險因子（包括遺傳的 GRS 和非遺傳因素）進行嚴重疾病風險預測，結果發現在非遺傳因子的模型中加入 GRS 信息可提高嚴重疾病風險的預測能力，在AncestryDNA 和 UKB 兩個隊列中，其預測能力分別提高了 0.8% 和 0.5%；
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亮點： GRS 的分層分析做的很細致，可以學習下；

局限： 如果不是樣本珍貴，這篇文章挺難發 NG 的，很多 post-GWAS 的工作都沒做。而且對于新發現的位點也沒有進行重復驗證；

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-021-01006-7

公開的資料：

二、精細解讀文獻 二

文獻題目： Landscape of adenosine-to-inosine RNA recoding across human tissues

不想看英文題目： 跨人體組織的腺苷到肌苷 RNA 重編輯圖譜

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

研究意義： 腺苷到肌苷 (A-to-I) 的 RNA 編輯由 ADAR（作用于 RNA 的腺苷脫氨酶）酶家族催化，是動物中最常見的 RNA 編輯形式。 RNA 編輯可改變 mRNA 的編碼信息。對蛋白質編碼序列進行重編輯可引入新的、功能不同的蛋白質異構體、產生多樣性的蛋白質組。近幾十年來，一些重編輯位點的功能重要性一直受到人們的重視。然而，沒有有效的方法檢測這些位點。因此，作者提出了一種新的檢測方法。通過檢測 GTEx 的 9125 個 RNA-seq 樣本的重編輯水平，生成人體不同組織編輯水平高精度圖譜。

結論：

  • 針對人類編碼區域重編輯（CDS A-to-I RNA）位點的檢測，作者開發了如下的流程：
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  • 通過該流程，總共產生了 1517 個人類 CDS A-to-I RNA 位點；
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  • CDS A-to-I RNA 位點傾向于富集在 ADARs 5' 和 3' 區域。此外，在反義鏈上觀察到大量的 T-to-C 位點（1006 個），利用鏈特異性 RNA-seq 數據集證明 T-to-C 信號是通過反義鏈轉錄的 A-to-I 編輯位點互補得到的；
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  • 另外研究發現不同組織的編輯水平存存在差異。比如動脈、結腸和食道的編輯程度遠高于大腦；
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  • 為了進一步驗證前面發現的 1517 個 A-to-G ，作者使用了另外三個鏈特異性 RNA-seq 數據集進行重復驗證。在 1517 個 A-to-G 位點中，948 個位點在至少一個驗證集中發生了編輯（FDR < 0.05 ）；
  • 前人研究發現基因組非編碼區的編輯位點呈聚集狀態。在本研究中，同樣觀察到編碼區的編輯位點是聚在一起的；
  • 作者推測產生聚集可能是因為存在編輯互補序列 (ECS)，該序列可與 CDS 區域的 A-to-G 編輯位點互補。例如，在 cldn9 (Claudin 9) 的 CDS 區域存在一只含有 19 個編輯位點的編輯簇，并且在 cldn9 (Claudin 9) 的下游 1741 bp 處發現了一個 ECS，該 ECS 上的 T-to-C 位點正好與 cldn9 (Claudin 9) CDS 區域的 A-to-G 編輯位點互補；
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  • 對重編碼位點的進化過程進行分析，發現大部分編輯位點在物種間是保守的，只有 17 個位點是人類特異性的。且保守位點的比例隨著編輯水平的增加而增加。
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  • 對人類與其他哺乳動物的編輯位點進行比較，發現單個突變和物種特異性 dsRNA 結構可以導致新的編輯位點產生。例如，ASNS 基因外顯子和內含子可形成 50 bp 長的 dsRNA，這種結構在大多數靈長類動物中是保守的。但當 ASNS 內含子發生 G 到 A 突變后，內含子 A 會被編輯，與此同時，有四個新的編輯位點出現在外顯子 C 附近；
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亮點： 在人類組織水平鑒定了多個 RNA 編輯位點，并探究編輯位點產生的潛在機制，以及編輯位點的適應性進化；

局限： 第一，題目起得太大，看題目我以為是檢測所有位點，仔細閱讀下來發現只是檢測編碼區的編輯位點；第二，對于檢測到的 1517 個編輯位點，有多少個是具有生物學意義的？如果大多數都是噪音，那么一萬個跟一百個又有什么區別？第三，等我想到了再補充。

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28841-4

公開的資料：

代碼：https://github.com/a2iediting/deNovo-Detect

三、其他文獻推薦

下面的文獻也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主時間有限，沒法精細解讀，故列出來供各位參閱；
當然，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內剛出爐的文獻），可給我發pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）；

文獻題目： Ancient DNA and deep population structure in sub-Saharan African foragers

不想看英文題目： 撒哈拉以南非洲覓食者的古代 DNA 和群體結構

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04430-9

文獻題目： A single-cell atlas of the normal and malformed human brain vasculature

不想看英文題目： 正常和畸形人腦血管的單細胞圖譜

雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abi7377

文獻題目： Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly

不想看英文題目： 果蠅細胞圖譜：成年果蠅的單核轉錄組圖譜

雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk2432

文獻題目： Local hyperthermia therapy induces browning of white fat and treats obesity

不想看英文題目： 局部熱療誘導白色脂肪褐變并治療肥胖

雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)

文章鏈接：

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00144-1

文獻題目： Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar

不想看英文題目： 四倍體馬鈴薯的染色體規模和單倍型分辨率下的基因組組裝

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01015-0

文獻題目： Transcriptional kinetics and molecular functions of long noncoding RNAs

不想看英文題目： 長鏈非編碼 RNA 的轉錄動力學和分子功能

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01014-1

文獻題目： Associations between alcohol consumption and gray and white matter volumes in the UK Biobank

不想看英文題目： 英國生物銀行中酒精消費與灰質和白質體積之間的關聯

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28735-5

文獻題目： Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from S?o Paulo, Brazil

不想看英文題目： 巴西圣保羅 1,171 名老年人混合個體的全基因組測序

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28648-3

文獻題目： Modeling assortative mating and genetic similarities between partners, siblings, and in-laws

不想看英文題目： 伴侶、兄弟姐妹和姻親之間的同質性婚配和遺傳相似性研究

Assortative mating: 同質性婚配，又稱選型交配，指傾向于選擇與自己接近的配偶進行繁殖，在人類身上表現為性格，年齡，教育等等；

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28774-y

文獻題目： Towards accurate and reliable resolution of structural variants for clinical diagnosis

不想看英文題目： 準確可靠地檢測結構變異并用于臨床診斷（review哦）

雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35241127/

四、工具或資源類介紹

文獻題目： Robust Mendelian randomization in the presence of residual population stratification, batch effects and horizontal pleiotropy

不想看英文題目： MR-SENSEMAKR：存在群體分層、批次效應和水平多效性情況下的孟德爾隨機化分析

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28553-9

文獻題目： TADA—a machine learning tool for functional annotation-based prioritisation of pathogenic CNVs

不想看英文題目： TADA——基于致病性 CNV 優先排序的機器學習工具

雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)

文章鏈接：

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02631-z

文獻題目： TransposonUltimate: software for transposon classification, annotation and detection

不想看英文題目： TransposonUltimate：轉座子分類、注釋和檢測軟件

雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac136/6541023

文獻題目： Summarizing internal dynamics boosts differential analysis and functional interpretation of super enhancers

不想看英文題目： 內部動力學促進了超級增強子的差異分析和功能解釋

雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac141/6541024

文獻題目： GREEN-DB: a framework for the annotation and prioritization of non-coding regulatory variants from whole-genome sequencing data

不想看英文題目： GREEN-DB：全基因組測序數據中非編碼調控變異位點的注釋和優先排序框架

雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac130/6541021

文獻題目： COVID-19 Spread Mapper: A multi-resolution, unified framework and open-source tool

不想看英文題目： COVID-19 Spread Mapper：多分辨率、統一框架和開源工具

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac129/6542303?redirectedFrom=fulltext

文獻題目： HAMdetector: A Bayesian regression model that integrates information to detect HLA-associated mutations

不想看英文題目： HAMdetector：檢測 HLA 相關突變的貝葉斯回歸模型

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac134/6541628?redirectedFrom=fulltext

文獻題目： MultiBaC: An R package to remove batch effects in multi-omic experiments

不想看英文題目： MultiBaC：在多組學中消除批次效應的 R 包

雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac132/6541627

致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感謝小可愛們多年來的陪伴， 我與你們一起成長~

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