引言

不像在windows上面下載安裝包進行安裝那么簡單，你只要選擇好安裝目錄，然后一直next就行。要在Linux下通過源碼安裝R包是一件非常耗時耗力的事情。由于個人工作性質的原因，需要常常使用大型機進行作業，但是大型機基本都是Linux系統，由于需要使用R,并且經常會做一些個性化分析，需要自己安裝相應的R包，但是由于自己沒有root權限，在安裝軟件時難免會收到這樣那樣的掣肘。我第一次安裝R以失敗告終，因為安裝R時會告訴你需要A庫，然后你去安裝A庫，但是當你去安裝A庫的時候又會告訴你需要安裝B庫，如此循環往復，最后終于心撕力竭，手頭又有其他事情要忙，終于鎩羽而歸。但是有一天遇到王道明，他正好也有過如此安裝R的經歷，最后捯飭了半天終于成功，最后還把這個經歷總結下來，我當時內心狂喜，仿佛得到了武功秘籍。想著終于可以痛快地安裝R了，但是事實證明我還是Too young Too simple,最后還是經歷了之前沒有預想到的大坑，憑借著王道明的安裝指南和R官方文檔，才終于功德圓滿，取經歸來。

第一難：R依賴庫的安裝

在安裝R之前首先要安裝R依賴的包，如何知道R安裝需要什么包呢？可以去看R的官方文檔R Installation and Administration ,我們主要要安裝的依賴包是zlib，bzip，liblzma(這個包如果直接搜索liblzma出來的會是XZ，沒錯，需要安裝的就是XZ)以及PCRE。不過首先需要注意的是，我安裝的R版本是R-3.4.2 Short Summer，2017-09-28發行，而依照的官方文檔也是Version 3.4.2 2017-09-28，因此其他版本的不一定完全適用，但是一般來說R所依賴的包大致都是這些，可能有版本的區別，安裝R的大致順序也差不多。其次，在安裝這些庫時最好遵照我下面給出的順序來依次進行。否則就會報錯。
1.安裝zlib1.2.5版本及以上

cd zlib-1.2.11
./configure --prefix =/bulider/software/zlib
make  
make install

2.安裝bzip

cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
修改Makefile 中的PREFIX=/bulider/software/bzip2
make && make install

3.安裝liblzma5.0.3版本及以上

cd xz-5.2.3
./configure -prefix=/bulider/software/xz
make
make install

4.安裝pcre

tar -zxvf pcre-8.41.tar.gz
cd pcre-8.41
./configure --enable-utf --enable-unicode-properties --enable-jit --disable-cpp --prefix /bulider/software/pcre##這個包的安裝參數是有要求的，因此用的是官方文檔的推薦命令
make
make install

5.安裝libcurl7.22.0及以上，但是不要超過版本8

tar -zxf curl-7.28.0.tar.gz
cd curl-7.28.0
./configure --prefix=/bulider/software/curl
make
make install

第二難：安裝R

安裝了一打R的依賴包以后，你以為就能修成正果，急流勇退了嗎？如果你有這個想法我想說你還是圖樣圖森破！上臺拿衣服！
1.進行configure

/source/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include"##第一步檢查環境配置，生成Makefile

首先注意一點，如果你要把R安裝到另一個文件夾里而不是源碼所在的文件夾里，那么你首先要創建一個文件夾，然后在這個文件夾里對R進行編譯，在configure時要加上全路徑/source/R-3.4.2/configure，同時在后面加上--prefix=參數，比方我要安裝到/builder/software/R,那么就需要加入--prefix=/builder/software/R這個參數，而我的源碼在/source/R-3.4.2這個文件夾里。
其次由于R是用C語言寫的，因此要從源碼編譯R需要把R的源碼需要通過gcc將源碼編譯為可執行文件。在前面我們安裝了一些R的依賴庫，這些依賴庫是在編譯R的時候要用到的，如果在一般情況下這些依賴庫都會放到系統指定的位置來進行使用，但是由于我沒有root權限，因此無法將這些庫文件放到系統指定的庫路徑或者修改相應的配置文件，只能把這些庫的路徑通過LDFLAGS和CPPFLAGS這兩個參數來傳遞給gcc，關于這兩個參數可以參考。告訴gcc這些路徑里有相應的庫。其中LDFLAGS傳遞的是給鏈接器的參數，CPPFLAGS傳遞的是相應的頭文件。這兩個參數都是configure的參數。
2.通過上一步生成了Makefile后，覺得勝利已經在前方向你招手，于是你進行了

make

但是出現了報錯！

/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_assign_jit_stack'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_jit_stack_alloc'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[3]: Leaving directory `/builder/software/R/src/main'
make[2]: *** [R] Error 2
make[2]: Leaving directory `/builder/software/R/src/main'
make[1]: *** [R] Error 1
make[1]: Leaving directory `/builder/software/R/src'
make: *** [R] Error 1

這個報錯是因為什么原因導致的？我們可以看到里面說

/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)

說缺少libpcre.so.1和liblzma.so.5這兩個庫文件，我心里浮現了一副黑人問號臉我在前面./configure的時候還傳入了PCRE和XZ這兩個庫的路徑，為什么還是會報錯？
于是我先是進行了谷歌，從谷歌上找到了一篇R安裝攻略,在這篇攻略里也提到了這個問題，

此處報錯是由于沒有找到動態庫，看第一二行
解決方法：添加動態庫
cat /etc/ld.so.conf
include ld.so.conf.d/*.conf
/opt/pcre-8.39/lib
/opt/xz-5.2.2/lib

但是在這個攻略里最后的解決方法是修改/etc/ld.so.conf文件，將前面安裝的庫的路徑添加到這個文件中，但是我沒有root權限，并不能修改這個文件，因此這個方法對我并不適用。后來在鵬帆和許驕的提醒下，我們在后面看到建議說try using -rpath or -rpath-link,后來我搜索了這兩個命令，這兩個命令是用于通過gcc向ld傳遞參數的時候用的，

gcc編譯鏈接動態庫時，很有可能編譯通過，但是執行時，找不到動態鏈接庫，那是因為-L選項指定的路徑只在編譯時有效，解決方法是通過-Wl(注意，是字母表K之后的小寫L),rpath=<your_lib_dir>，使得execute記住鏈接庫的位置

于是我試著在configure的時候加入這兩個參數

/builder/software/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib  -Wl,--rpath/builder/software/pcre/lib -Wl,--rpath/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/software/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include

但是這樣總會報錯，后來我知道，configure的時候我們傳入的參數都會寫到Makeconf文件里面，那么我可不可以先按照原來的我方法先進行configure，然后再對Makeconf文件進行修改呢？于是我還是先按照之前的方法進行configure

/builder/software/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/software/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include

然后在make之前修改Makeconf中的參數

LDFLAGS = -L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib   -L/builder/software/curl/lib -Wl,-rpath=/builder/software/xz/lib -Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib

再進行

make

之前的報錯終于不見了!但是出現了新的報錯心里有句mmp:

/usr/bin/ld: cannot find -lpcre
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [libR.so] Error 1
make[3]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src/main'
make[2]: *** [R] Error 2
make[2]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src/main'
make[1]: *** [R] Error 1
make[1]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src'
make: *** [R] Error 1

于是我在想，可能是前面我把LDFLAGS里面參數由-L/builder/software/pcre/lib修改為了-Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib之后不再出現原來的報錯，但是現在又出現了新的報錯，而我在使用原來的參數時不會出現這個新的報錯，結合之前我搜索到的結果,是不是因為我之前的寫法只能讓路徑gcc在編譯時有效,而后來的寫法只能讓其在進行運行時有效？那么如果我讓兩種參數同時出現，雖然我把庫的路徑傳遞了兩次，但是會不會就不再報錯了？時間是檢驗真理的唯一標準！先試驗一把！于是我把兩種參數的路徑都加到了Makeconf中

LDFLAGS = -L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/software/curl/lib -Wl,-rpath=/builder/software/xz/lib -Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib

再次進行

make

終于沒有了報錯。說明make成功了，于是我再進行

make install

終于安裝完成！你挑著擔我牽著馬

總結

1.在Linux下用源碼安裝R是個大坑尤其是在沒有root權限的情況下
2.安裝R之前一定要將R要求的依賴庫預先安裝好，版本和安裝順序都要對。具體可以參考R官方文檔R Installation and Administration 。
3.在安裝好R的依賴庫之后，在進行R的安裝的時候要注意將依賴庫的路徑傳入到參數中，而且一定要注意傳入的方式。
4.注意分析報錯信息，從中尋找原因，不要盲目瞎想，多谷歌，多問老司機。
5.關于-Wl -rpath更詳細的介紹參考

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