一、singularity 安裝
通過以下命令可以安裝singularity
git clone https://github.com/singularityware/singularity.git
cd singularity
./autogen.sh
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
在執行 ./autogen.sh 時,可能會出現如下報錯
此時需要執行以下命令，安裝相應的依賴
sudo apt-get install -y build-essential libtool autotools-dev automake autoconf
安裝后，可以運行singularity --help來驗證是否安裝成功，以及查看相關指令介紹
二、創建singularity鏡像
方法一：通過singularity create指令創建一個空鏡像（可以通過--size參數指定該鏡像的大小或通過singularity expand增大實例化后的容器）。然后通過singularity import指令向該空鏡像導入一個鏡像。（點擊查看更多關于singularity create的內容）
通過singularity create test1.img指令，創建了一個名為test1.img的鏡像，并指定該鏡像的大小為1000.注意到該操作需要獲取root權限。
創建出test1.img鏡像后，通過singularity import命令向該鏡像中導入一個docker鏡像。如下，向創建的test1.img中導入一個ubuntu docker鏡像。
方法二：創建一個空鏡像后，可以為其創建一個bootstrap定義文件（類似于dokcer 中dockerfile文件的概念），然后通過singularity bootstrap指令來基于該定義文件對空鏡像進行修改。
如下，通過vim創建一個定義文件，命名為Singularity（不一定要命名為Singularity，但如果想要將創建好的鏡像通過singularity hub分享，則必須命名為Singularity）。
創建Singularity文件后，接下來創建一個空鏡像test2.img，然后通過singularity bootstrap test2.img Singularity指令來使用剛剛創建的Singularity文件對test2.img進行修改。之后，運行singularity run test2.img，可以在命令行中看到相應的輸出，正是在Singularity文件中的%runscript部分里定義的輸出，說明成功地bootstrap了test2.img鏡像。
bootstrap定義文件主要包括兩部分，Header部分和Sections部分。
在Header部分中，指定了容器的基礎操作系統，類似于Dokcerfile中的基礎鏡像部分。其中的Bootstrap字段指定了以何種方式下載基礎鏡像，比如在上面的例子中，Bootstrap字段被指定為docker，因此會從docker倉庫中下載基礎鏡像。除此之外，該字段還有yum、debootstrap和arch等值。不同的bootstrap值會跟隨不同的其他字段。這里以bootstrap：docker為例，跟隨了From、IncludeCmd、Registry和Token等其他字段。其中From字段，用于指定基礎鏡像的名字，格式為[name]：[version]，當不指定[version]時，默認為[name]:[latest]。在上面的例子中，From字段的值為ubuntu：latest，因此會下載一個最新版本的ubuntu鏡像。IncludeCmd字段用于指定，當沒有顯式指定%runscript的內容時，是否將基礎鏡像的Dokcerfile中定義的CMD指令設置為%runscript中的內容。（點擊查看更多關于Header部分的具體介紹）
除了Header部分，在bootstrap定義文件中，還包括多個可選的section，各個section的名字以字符%開頭。前面已經介紹了%runscript和%post兩個section，前者定義了對鏡像執行singularity run時，會被運行的指令；后者定義了對鏡像執行bootstrap時，會被運行的指令，只運行一次，被用來下載容器內部的相關軟件或依賴；除此之外，還有%setup和%test兩個section（點擊查看關于這兩個section的具體介紹）
方法三：通過singulaity pull指令從 Singularity Hub上下載鏡像（singularity pull 指令必須在root權限下執行）。
Singularity Hub類似于Dokcer Hub的概念，是用來上傳和下載鏡像的在線倉庫。如下所示，使用singularity pull ，并指定鏡像的路徑。當從Singularity Hub上下載時，路徑的前綴是shub://。
pull的時候提示訪問不了，且在singularity user document中，支持的URIS好像只有http://、https://、docker://（最后一個運行的是非持久化的）（點擊查看更多）
三、對singularity鏡像的操作
主要有四種操作：run、exec、shell和test（test不常用）。可以在命令行中通過--help參數查看各個指令的文檔，比如singularity run --help，可以查看run指令的操作文檔。
run指令
格式為singularity （options） run [container image] （options），執行該指令時，會運行鏡像的定義文件中%runscript內指定的指令。若沒有%runscript，則啟動一個默認的shell。（點擊查看更多）
關于%runscript，如果在Singularity文件中有指定，則%runscript為該指定內容；如果沒有指定，或者創建鏡像時采用的是singularity import的方法（此時沒有Singularity文件），則默認%runscript是基礎鏡像中ENTRYPOINT中的指令；如果在Singularity文件中沒有指定，IncludeCmd字段的值為yes，則將基礎鏡像中CMD下的指令設置為%runscript的內容。（點擊查看更多）
在前面的介紹中，可以看到，對test2.img運行singularity run時，會執行%runscript中的指令。
exec指令
格式為singularity （options）exec [container image] [command] （options），使用該指令，可以在外部主機上將指定的command運行在指定的容器內。
shell指令
格式為singularity （options）shell [container image] （options），使用該指令時，可以在容器內啟動一個shell，因此可以在容器外部與容器內部進行交互操作。運行exit則可以退出該shell；當指定了--writebale參數時，可以對容器進行修改，此時需要有root權限；當container image指定的不是一個本地鏡像，而是以docker：//為前綴的遠程鏡像時，該指令會運行一個非持續的容器，當exit該shell時，容器會被自動刪除。（點擊查看更多）
可以看到，進入container后，運行ls時，列出的是外部主機當前工作目錄下的內容，這是因為singulairty容器默認綁定的用戶的home目錄（以sudo身份和不以sudo身份運行shell，默認的綁定是不同的）（點擊查看更多相關內容）
四、其他
1.singularity的一條設計原則，容器內的用戶身份與容器外的用戶身份是一致的。
2.root權限下shell進去，通過pwd可以看到是位于root目錄下；而非root權限下shell進去時，通過pwd可以看到是在當前目錄下。也就是說，不同的shell方法，會有不同的系統默認bind。也可以在shell時，通過-B自定義bind的目錄。通過-B自定義bind時，要求容器內存在相應目錄，但實驗時，明明在container里面已經創建了相應目錄了，shell -B時還是提示沒有在容器內找到相應目錄。是不是bind后，兩個目錄就連通了。
3.關于mount，不理解（點擊查看mount相關內容）
4.export部分，也不太理解（點擊查看export相關內容）
5.You can even run MPI executables within the container as simply as:
$mpirun -np X singularityexec/path/to/container.img /usr/bin/mpi_program_inside_container(mpi program args)
參考資料
在linux下安裝singularity ：http://singularity.lbl.gov/install-linux
quick start ：http://singularity.lbl.gov/quickstart
介紹幾個指令的教程 ：http://singularity.lbl.gov/singularity-tutorial
用戶指南 ：http://singularity.lbl.gov/user-guide
