高中生偵探工藤新一被神秘黑衣人下藥，大難不死后發現身體竟然變小了!
小蘭回家后，發現家里亂糟糟的，和醺酒的爸爸聊天，勸不要總是這樣，沒有工作上門不說，連媽媽也離家出走了。
新一雨中奔跑回家，卻連自己家也進不去了，因為太高碰不到了。
小蘭打電話到新一家無人接聽，與父親聊到新一的家庭，爸爸是小說家，而爸媽于三年前搬去美國，目前獨居中，擔心新一的小蘭離家去找新一。
第一個知道新一被變小的人:阿笠博士。
博士隱私揭秘:現年52歲，是個作風迥異的發明家，雖自稱天才，不過制造的東西都是破銅爛鐵，而且屁股后的那顆痣還長了一根毛!
新一以超強的洞察力和分析力向博士證明了自己就是新一，不是奇怪的小鬼頭。
終于回到家中的新一，在書房找到了上小學時的衣服，穿上正合適，紅色領結，白襯衣，藍色小西服，灰色短褲，很講究的小新一。
博士告訴新一，如果被組織知道新一還活著，一定會再來，肯定會危害到身邊的人，所以就當作兩人之間的秘密，不能再告訴別人自己的真實身份了。
小蘭來尋新一，變小的新一躲到了書桌后面，看到打開的抽屜里爸爸的眼鏡，決定變裝，因度數太高而取掉鏡片，只余鏡框。
小蘭看到小身影，來到了書桌旁，看到了變裝后的小新一，覺得好可愛的孩子，問名字的時候，新一靈機一動，看到書架上的書，脫口而出:江戶川柯南，因為爸爸是柯南道爾的書迷。
新一以柯南的身份與小蘭初相見!
為了尋找黑衣人的線索，在博士提議下，以這孩子的親人因意外事故住了院，作為遠房親戚，拜托博士照顧，但是博士是單身漢的緣故，希望讓柯南暫時到小蘭家借住。
注意穿拖鞋的新一換鞋子嘍！
柯南和小蘭在回去的路上，聊到喜歡的人，新一以柯南的身份首次聽到了小蘭的表白:
沒錯!新一啊，從小就很調皮搗蛋，總是充滿了自信，自以為自己是推理專家，不過，遇到急事拜托他，他就會勇氣十足，變得好酷哦!我真的，好喜歡新一哦！
此時滿臉通紅的小新一，哦不，柯南。
毛利偵探事務所樓下，猶豫的新一有想要說出真相的沖動。
毛利小五郎叔叔飛奔下樓，接到了半年以來的第一份工作，有錢人家的女兒被綁架，據說綁架者是黑衣打扮的男子。
計程車上，一行三人，小蘭向正在嘚瑟的爸爸介紹柯南。
報案人谷董事長，被綁架的是董事長女兒谷晶子，十歲，目擊者麻生管家，毛利叔叔調查中，柯南被各種嫌棄。
在思索中踢球的柯南，讓小蘭想到了新一:新一在想事情的時候，也會踢足球哦，他說踢足球后，腦子就會變得清醒。
無意中驚動了看門犬巨無霸，看到陌生人都會叫的特性，證實了說謊的麻生管家，不過巨無霸和柯南一見很親密。
這時，綁匪來了一通電話，讓交三億贖金，并穿出了晶子的話音，在某所看得到煙囪的學校里。事情并不簡單，真的有人綁架了晶子。
為了找到晶子，柯南讓神犬巨無霸出動，對，沒錯，史上第一次，我們的柯南君騎狗狂奔!
一路排除了看得到煙囪的學校也并未找到晶子，卻在看到某棟樓的造型時恍然大悟，特殊的角度視覺，把大樓誤認成煙囪，鎖定學校，二橋中學!
柯南君一人一狗闖到，找到了晶子卻沒辦法避開綁架犯，變小后的力量太小，腳力也不行，千鈞一發之際，小蘭趕到，小蘭空手道的威力成功解決掉綁架犯！
事情解決，晶子向爸爸說起了串通管家說謊的行為，是為了讓爸爸的公司關閉一段時間而來陪伴自己，谷董事長為了懲罰麻生管家，讓其策劃明天開始為期一周的旅行，目的地晶子最愛的澳洲，只兩個人一起去。
臨行前，晶子向柯南道謝:謝謝你，偵探先生!而受到董事長肯定及感謝的名偵探，此時是表情包!
回程，小蘭提及留下柯南，叔叔思考一番，放言:沒關系，沒關系，這家伙來了之后工作就跟著來了，事情也很漂亮的解決了，就像是福神降臨一樣，所以說不要說是暫時，當我的兒子都行!
聽到了沒？新一!你岳父承認你了哦!
帝丹小學校:我是轉學生，江戶川柯南，請多多指教!
又要開始上小學了!（新一你可知二十年后你依舊在上小學!）
本集知識點:衣服前面淋濕，后面卻沒有，這就是在雨中奔跑的證據!
【本文作者：傾醬動漫集，原名傾輕雪
動漫集合地，打破次元壁，二次元一生推！
講述二次元的歡樂喜悲，品味三次元的喜怒哀樂~】
