更新：20190108
瀏覽GetOrganelle軟件的作者Kinggerm的github主頁，發現了很多有用的python腳本，非常好的學習素材，有時間多看https://github.com/Kinggerm/PersonalUtilities
更新20181213
昨天晚上班級組織了學術沙龍，班上的同學介紹了自己的三篇文章，第一篇是基因家族類的，發在frontiers in plant science;第二篇好像是和小RNA有關的，發在了the plant journal;第三篇是葉綠體基因組類的；好像是BMC genomics;現在班級里的牛人真的很多。這位同學在介紹葉綠體基因組的文章的時候提到了mVISTA這款軟件，自己才發現原來這款軟件是可以本地化的，需要填寫自己的基本信息和郵箱，第二天就收到了軟件的下載鏈接，初步瀏覽感覺安裝稍顯繁瑣，還沒有嘗試，找個時間試一下本地操作。
讀研讀博班級的概念可能僅限于一起上課吧，自己因為是碩博連讀，比現在班上的同學早上一年課，連一起上課這層聯系都沒有了；
更新20181108
之前有想法可以通過SeqIO解析genbank文件得到mVISTA的注釋結果，由于對于解析后的結果不太理解一直沒有成功，最近又大體看了一下biopython的教程，對于SeqIO解析genbank文件又有了一點新的理解，又再次嘗試了一下，終于成功了，貼出自己的代碼(這篇文章自己最開始寫的時候還不知道markdown的基本語法，所以只能通過截圖的方式來展示自己的代碼了)：
需要腳本的可以給我留言郵箱地址~
需要安裝python，然后安裝Biopython模塊
使用方法：將腳本和genbank文件放到同一個文件夾下，然后通過dos界面進入這個文件夾執行 python?get_mVISTA_annotation_file_from_genbank_1.py -i genbankfilename
最近一直在看葉綠體基因組的相關論文，基本上每篇文章都會有一幅identity plot, 用來比較不同葉綠體基因組之間的相似性，使用到的是網頁版的工具mVISTA mVISTA Input,下面簡單記錄自己的學習過程：
mVISTA 需要準備fasta文件和 注釋文件，mVISTA官網給出的注釋文件的格式
幫助文檔中提到注釋文件可以通過基因組瀏覽器導出結果，但是自己還沒有學會怎么用
通過修改相應的gff3文件也可以得到這個注釋文件，自己的做法是先刪除葉綠體基因組注釋gff3文件的前三行，然后通過Excel提取3，4，5，7列，調整列的順序為7，3，4，5，然后用python腳本簡單處理得到的輸出結果
python腳本
PS:問題一：python如何通過參數指定輸入和輸出文件？？？暫時還沒有找到辦法；找到了一個運用R語言批量下載benBank文件的教程，之前試過一次有一些問題，找時間再試一次
已將序列文件和注釋文件提交到mVISTA，暫時還沒有運行出來結果，明早起來看結果如何，結果如果理想 明天記錄完整的流程：葉綠體基因組的序列下載，處理得到注釋文件，然后利用mVISTA繪圖
看到了結果，搞懂輸出的結果還需要一段時間，發現一個問題是：注釋文件得把基因改成對應的名字，最原始的輸出結果
好多細節需要修改！
代碼雖然很笨，但成功處理出來了mVISTA需要的注釋文件；又遇到了 list index out of range 的報錯，目前還沒有找到原因，擔心的問題是因為有報錯會不會造成處理出來的文件有問題？？？
python腳本用到了簡單的正則表達式和for if 循環 目前也只能寫一寫簡單的腳本，沒有找到增加一點難度的學習資料
