下載一個docker conda ， 也可以從ubuntu 進行
進入鏡像
docker run -it --name "ubuntu_nong" -v /home/nbt2/docker/docker_dat:/docker_dat --privileged nong/ubuntu_conda_r /bin/bash
conda create -n lncRNA --clone /home/nong/miniconda3/envs/lncRNA/
docker 真的很棒！
之前介紹過用docker安裝RNAcocktail了
docker source
參考：http://blog.csdn.net/samxx8/article/details/38946737
docker 是。。。
要安裝和配置docker前提你必須有root的權限！
安裝
#centos
sudo yum -y install docker
#ubuntu
sudo apt install docker docker.io
#測試
service docker start
docker run hello-world
鏡像源
選個國內的鏡像提升下載速度
https://www.docker-cn.com/registry-mirror
我使用的是阿里云的加速器，速度超快的！
https://dev.aliyun.com/search.html
將一般用戶加入docker
docker 默認只能由root運行。將一般用戶加入docker組即可
#創建docker組,一般自己就有
sudo groupadd docker
#將當前用戶加入docker組，或者其他用戶
sudo gpasswd -a ${USER} docker
#重新啟動docker服務（下面是CentOS7的命令）
sudo systemctl restart docker
#當前用戶退出系統重新登陸
#運行docker命令
docker ps
docker 使用
安裝RNAcocktail 軟件集合
docker pull marghoob/rnacocktail
運行方式有多種，這是交互模式
docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t -v /public1:/public1 5aef8cc6eabd run_rnacocktail.py align -h
docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t -v /data4:/data4 -v /data5:/data5 5aef8cc6eabd
51a11dbcbbc2 是容器ID
之后是你要運行的命令，如果不帶命令，就直接進入交互模式。
要注意的時，運行docker的時候，你是進入了一個容器(container)里面，就是另一個世界，完全一個新的環境， 而且你的當前目錄也變了！
這里的-v /public1:/public1是把現實世界的/public1目錄映射到容器里面生成/public1。
你運行程序的輸入輸出都要加絕對路徑，或者在cd到你想運行的目錄，否者你當程序運行結束，退出容器回到原來世界（環境）的時候，你找不到運行結果！
簡化命令
當然是alias
vim /etc/profile
加入下面這行
alias docker_rnacocktail="docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t "
以后運行命令就是
docker_rnacocktail -v /public1:/public1 51a11dbcbbc2 run_rnacocktail.py align -h
還是有很多命令，docker必須把image ID（51a11dbcbbc2）放在參數后面， 沒辦法！
安全問題
我下載的這個RNAcockt 鏡像運行時的root，即進入這個容器時，你在那個環境里是root，這樣很危險！所以我再RNAcocktail的基礎上改裝成新的鏡像，在運行時是非root用戶！
Dockerfile 生成新鏡像（images）
vim Dockerfile
FROM b29cb6c43221
MAINTAINER Nong "523135753@qq.com"
RUN useradd -m -d /home/nong -s /bin/bash -b /home/nong nong
RUN /bin/echo 'nong:123456' |chpasswd
RUN /bin/echo 'root:123456' |chpasswd
USER nong
note：新鏡像就是創建了一個普通用戶（RUN），并使用普通用戶為默認用（USER），
生成鏡像
docker build -t docker.io/marghoob/rnacocktail:mytag .
將container 的內容生成鏡像
參考這篇文章：http://blog.csdn.net/jiankunking/article/details/62056392
進入一個docker，記住進入后的docker id 961bcbc2bc85，然后修改。
exit， 退出后修改命令
docker commit -m 'fix hisat2_jun2bed.py and unmask' -a 'Docker rnacocktail' 961bcbc2bc85 marghoob/rnacocktail:fixed
其中，-m 來指定提交的說明信息，跟我們使用的版本控制工具一樣；-a 可以指定更新的用戶信息；之后是用來創建鏡像的容器的 ID；最后指定目標鏡像的倉庫名和 tag 信息。創建成功后會返回這個鏡像的 ID 信息。
參考：
http://www.runoob.com/docker/docker-image-usage.html
http://blog.csdn.net/yygydjkthh/article/details/47694929
http://www.simapple.com/374.html
進入docker
容器（即一個應用環境）：
用鏡像建立一個容器，就可以得到一個應用環境工作了。
創建運行一個容器并進入容器shell：sudo docker run -i -t <image name> /bin/bash
根據當前目錄Dockerfile文件構建容器：docker build -t <image name> . #Dockerfile 可以理解為一個容器的配置文件。
查看容器列表及狀態：sudo docker ps -a
查看容器id: docker ps -a -q
刪除所有未運行的容器:docker ps -a -q | xargs docker rm
刪除一個容器：sudo docker rm <container id>
刪除所有容器：docker rm $(docker ps -q -a)
啟動一個容器：sudo docker start <container id>
停止一個容器: sudo docker stop <container id>
關聯一個容器：sudo docker attach <container id> #其實我的理解就是進入這個容器的shell ,并操作它。
進入 容器還有一個方法 docker exec -ti <container id> /bin/bash
多人進入docker
https://www.cnblogs.com/xhyan/p/6593075.html
更改時區
cp /usr/share/zoneinfo/Asia/Shanghai /etc/localtime
docker 本地導入導出
https://www.cnblogs.com/ksir16/p/6553851.html
用Docker解決坑爹的環境搭建系列——lamp(php5+mysql+apache2)
安裝conda
conda install -y python=3
conda update conda
conda clean --all --yes
conda source
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
pip install fire pysam
pip install python-intervals
conda install biopython
apt-get autoclean
apt-get -qq -y autoremove
vim ~/.Rprofile
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
生成鏡像
記住 container ID
docker commit -m 'basic R conda' -a 'Docker conda R' 3bee6f97a695 nong/ubuntu_conda_r:20190810
新建一個dockerfile 配置環境
vim Dockerfile
FROM nong/ubuntu_conda_r:20190810
MAINTAINER Nong "523135753@qq.com"
RUN umask 0000
USER nong
ENV PATH="/home/nong/miniconda3/bin:${PATH}"
USER 說明鏡像要用那個用戶，
生存docker鏡像
docker build -t nong/ubuntu_conda_r:latest .
docker save nong/ubuntu_conda_r:latest > nong.ubuntu_conda_r.latest.docker
## docker export -o .nong.ubuntu_conda_r.latest.docker containerID
轉換為singularity
mkdir -p /tmp/test
docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /tmp/test:/output \
--privileged -t --rm \
singularityware/docker2singularity \
--name nong_ubuntu_conda_r_latest \
nong/ubuntu_conda_r:latest
mv /tmp/test/nong_ubuntu_conda_r_latest.simg .
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster main non-free contrib
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-updates main non-free contrib
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-backports main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-updates main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-backports main non-free contrib
deb http://mirrors.163.com/debian-security/ buster/updates main non-free contrib
deb-src http://mirrors.163.com/debian-security/ buster/updates main non-free contrib
apt-get clean all
apt-get update
