目前只能在冬神的電腦上面跑，而且還需要下載nr數(shù)據(jù)庫，非常非常麻煩。
我需要想一個(gè)辦法把數(shù)據(jù)庫下載ok

PSSpred的數(shù)據(jù)預(yù)處理:首先將一個(gè)個(gè)文件分割成小文件進(jìn)行處理

import sys
import os
f = open(sys.argv[1])
h = f.readlines()
length = len(h)
j=0
for i in range(length):
    if h[i][0]=='>':
        pro = h[i][1:-1]
        j=j+1
        if not os.path.exists('input/'+sys.argv[2]):
            os.mkdir('input/'+sys.argv[2])
        fw = open('input/'+sys.argv[2]+'/'+pro.replace("|","-")+'.fas','w')
        fw.write(h[i])
    else:
        fw.write(h[i])
       

然后再寫批處理文件進(jìn)行批處理：

#!/bin/bash
start=`date +%s` #定義腳本運(yùn)行的開始時(shí)間

for file in ~/huangle/fungi_annotation/fungi_data/*
do
{
python split.py $file ${file##*/}


        echo 'success split '$file' !';
 }&
done
wait
end=`date +%s`

echo "TIME:`expr $end - $start`"