該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對程序 nucmer 的使用，計算操作見前兩篇推文；
這一塊主要解釋一下比對的結果文件 <prefix>.delta 如何解讀；
delta file 表示 NUCmer pipeline 下所有 alignment 的編碼表示，該軟件還設計了一系列程序，通過以 <prefix>.delta 文件作為輸入，從而輸出一些可讀的結果。
delta file 主要包含每個 alignment 的坐標，并強調這些 alignments 中包含的 insertions 或 deletions 之間的距離；
以下圖為示例，簡單解釋一下每一行的內容：
第一行：展示了 query 和 reference 基因組文件的位置，這里我隱去了；
第二行：指定了 alignment 數據類型，即 "NUCMER" 或 "PROMER"；
第三行：4 個詞分別代表 ref 的 fastaID，qry 的 fastaID，ref 序列長度，qry 序列長度；
第四行：第一組 alignment 結果，指定兩個對齊序列，后續每一組對齊都有這么一個 header，并描述對齊的坐標和一些錯誤信息；如果起始坐標大于結束坐標，則表明對齊是在反鏈上；前 4 個值分別表示 reference 中的起點和終點，以及 query 中的起點和終點；后 3 個值分別表示錯誤數（non-identities + indels），相似錯誤（non-positive match scores），終止密碼子（NUCMER為0）；
第五行始：每一個數字表示一個插入或確實，正值 query 相較于 reference 存在缺失，負值表示插入，0 表示該組 alignment 結束；數字坐標疊加表示，比如：上圖中 query?第一個缺失的位置為 32，第二個缺失的位置為 32+27，第三個缺失的位置為 32+27+1，以此類推；
但是，在實際應用在，該結果需要進一步處理才能生成更加可讀的結果，下一篇就介紹一下?delta-filter、mapview、mummerplot、show-aligns、show-coords、show-snps 等操作。
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