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Lecture 3: 細菌轉錄的起始
細菌轉錄機制：起始、延伸與終止。
細菌轉錄起始分以下四步：
啟動子的識別或稱為Closed Complex Formation，這一步會募集RNA聚合酶全酶。
用什么實驗分析？：DNA binding assay、template assay、DNA酶足跡法Open Complex Formation：DNA雙鏈打開，RNA聚合酶的鉗子閉合了，夾在DNA上。此時轉錄就是板上釘釘了。
用什么實驗分析？：DNA unbingding assay(要用到高錳酸鉀作為單鏈檢測試劑)、Unstable Ternary Complex （UTC，不穩定三元復合物）Formation
RNA開始合成，不需要引物。
abortive initiation流產轉錄:長度8-10個核苷酸，不編碼蛋白。
- Stable Ternary Complex （STC） Formation
聚合酶離開啟動子，開始RNA合成。全長轉錄。關于聚合酶怎樣脫落的有三種猜測的模型。FRET技術可以檢測兩分子之間是否接近，證明了三種模型中scrunching model是正確的。
用什么實驗分析UTC轉換為STC的過程？摻入試驗+凝膠電泳以測算8-10堿基轉錄本與全長轉錄本的比值。
肝素可以抑制RNA聚合酶和啟動子結合，但若RNA聚合酶結合在DNA上則不影響。所以它允許第一輪轉錄，而通過與RNA聚合酶競爭性結合的方式抑制第二輪轉錄。
Lecture 4: 細菌轉錄的延伸和終止
細菌轉錄機制：起始、延伸與終止。
現在探討延伸
- RNA合成
- DNA解螺旋雙鏈DNA helicase
- DNA melting
- RNA解旋酶將DNA與RNA鏈分離
- DNA雙鏈重新纏繞
轉錄校對的兩種方法
Pyrophosphorylytic Editing
Hydrolytic Editing水解編輯，TFIIS
現在探討終止，有以下兩種終止方式。
內在終止。需要兩個條件：首先需要RNA中形成富含GC堿基的發夾結構；其次它需要在距離發夾的3'端有7到9個堿基的位置有一段富含U的區域。導致RNA脫離、DNA雙鏈退火、RNA聚合酶脫落。
Rho-Dependent Termination。 Rho蛋白把RNA鏈從RNAP的活性位點拉出來。
細菌的轉錄調控-How is rate of initiation controlled?
- 啟動子序列的差異：增加或減少封閉型復合物的形成。
- 交替使用σ因子
- 結合特定序列的轉錄因子：激活或者抑制轉錄。
先說抑制Repressor：降低限速步驟的速度或者產生新的限速步驟。比如可以干擾聚合酶與啟動子的結合，在-10到-35的區域。又比如抓住聚合酶不放。
再說激活Activators：提升反應限速步驟的速率。比如CAP激活蛋白 即代謝激活蛋白 (catabolite activating protein)會與C-端的α亞基產生相互作用，它會促進聚合酶定位到啟動子上，提升形成閉合型復合物的速率。又比如MerR。
