[R語言]匯總安裝一些常用的生物信息分析的R包

探序基因腫瘤研究院，生物信息解決方案

1. clusterProfiler

BiocManager::install("clusterProfiler")

參考：

http://www.lxweimin.com/p/da9f5ccade9c

2.COSG包（鑒定單細胞cluster的marker基因）

library(remotes)

remotes::install_github(repo='genecell/COSGR')

參考：

單細胞分析工具||COSG鑒定marker基因(http://www.360doc.com/content/23/0719/10/76149697_1089202947.shtml)


3. GSVA，GSEABase，msigdbr

BiocManager::install("GSVA",update = F,ask = F)

install.packages("msigdbr")

參考：簡書-免疫浸潤，知乎-RNA-seq入門實戰（八）：GSVA——基因集變異分析


4. irGSEA包-單細胞基因集打分

提示：安裝前要把所以來的各種包安裝好，而且對R的版本有要求。

devtools::install_github("chuiqin/irGSEA")

參考：

B站-王胖的生信筆記第21期：網友的irGSEA包

簡書-irGSEA：基于秩次的單細胞基因集富集分析整合框架（中文教程）

簡書-單細胞基因集打分實操之irGSEA

5. scMetabolism-單細胞量化代謝活性

#官方的安裝步驟

#先安裝依賴包

install.packages(c("devtools", "data.table", "wesanderson", "Seurat",? "AUCell", "GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd"))

devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0") #Please note that the version would be v2.1.0

#如果有些包安裝不上，嘗試使用BiocManager::install進行安裝，比如GSVA包

BiocManager::install("GSVA")

#安裝scMetabolism

devtools::install_github("wu-yc/scMetabolism")

注意：安裝VISION包時，依賴plumber包，又依賴sodium包。這個包需要sudo apt-get install libsodium-dev

參考：簡書-單細胞量化代謝活性-scMetabolism


6.? DoubletFinder-雙細胞檢測工具

install.packages("devtools")

devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')

參考：騰訊云-R語言之雙細胞檢測工具DoubletFinder

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