celltalker:單細胞轉錄組配受體分析

在單細胞RNAseq數據可能進行的許多類型的分析中,是對假定的細胞間通信的評估。celltalker試圖通過尋找已知的配體和受體對在細胞內和細胞間的表達來評估細胞間的交流(即“交談”)。任何已知的配體和受體都可以使用,Ramilowski等人(Nature Communications, 2015)的出色工作描述了這一套配體和受體。我們建議使用這個配體和受體的列表作為起點,也可以收集自己的已知配體和受體的列表。另外,Vento-Tormo等人(Nature, 2018)的工作最近廣泛策劃了配體和受體,并將在cellTalker的未來版本中實施。

需要確定的是您的樣本中是用受配體的,celltalker是一個R包,與seurat是兼容的。


celltalker教程

https://arc85.github.io/celltalker/articles/celltalker.html#summary

除了這個R包之外,還有其他的方法:

文獻中也提到一種方法
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471831636X

cellphonedb:
https://www.cellphonedb.org/

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