?12月15日,把生命數據化第一人、基因組學教父級科學家、人類長壽公司CEO克雷格?文特爾(J. Craig Venter)在北大基礎醫學院院長論壇上介紹了關于生命數據化及應用過程中的最新進展。
文特爾在會上傳達了三個極為重要的信息:
1.目前其公司已經完成了對10545個人的全基因組測序,平均覆蓋度為30X~40X,在測序過程中發現的1.5億個基因變異,將幫助我們了解人類基因型表型及性狀之間的關系,將帶領我們進入健康科技時代。
2.將數據信息化,完成了基因組大數據搜索引擎——“Open Search”的構建。開放1萬個全基因組測序數據樣本,包含超過2億個基因變異信息??蒲腥藛T可通過訪問其網站HLI-OpenSearch.com進行相關查詢。
3.其公司通過與阿斯利康、Genentech等生物醫藥企業的合作將臨床信息樣本與基因組數據相結合,運用大數據分析解讀手段,實現對于生命健康趨勢的預測和管理。
這樣的消息著實令人振奮,它意味著人類對于生命的認知與解讀又有了更為深刻的理解,使人類通過干預手段延緩衰老,達到健康長壽的目標又進了一步!
文特爾和他的人類長壽公司
提起文特爾,我們認為它是當之無愧的把生命數據化的第一人,也就是讓每一個人通過一個平臺能夠瀏覽自己的各種生命數據,包括基因組數據、醫療紀錄數據、生理數據等不同維度的數據。這個海量的生命解碼數據庫,讓醫療健康變得更智能,并開啟醫學從“治療”到“預防”的時代。
這個能夠讓生命進入數據化時代的項目,便是“人類長壽公司”(Human Longevity, Inc., HLI)的使命和愿景。
眾所周知,人類基因組計劃是由美國科學家在1985年率先提出,于1990年正式啟動。在人類基因組計劃啟動8年后(1998年),創建了塞雷拉基因組公司(Celera),同時向人類基因組計劃提出挑戰。他宣稱自己的公司比這個由“聯合國”組成的國際性項目還要快4年完成人類基因組測序。而這個公司的名字Celera一詞,在拉丁語中意為“快速的”。
然而,最后的贏家是科學。兩個機構的競爭將人類基因組計劃的完成時間提前了數年。文特爾的公司測得的基因組,其實絕大部分就是文特爾本人。為了更快、更好地完成任務,人類基因計劃組不得不與Celera公司合作,采用文特爾更為先進的測序技術,并與文特爾共同分享成果。
文特爾通過商業的手段推動了科學的發展,打下了一場漂亮的仗,然而卻付出極大的代價。2015年,《自然》(Nature)上的評論文章《人類基因組計劃:大生物學的二十五年》(Human Genome Project: twenty-five years of big biology)完全沒有提到文特爾的名字。這篇文章的作者包括現已成為美國國立衛生研究院(NIH)的主席的柯林斯、因發現 DNA 雙螺旋結構而享譽全球的詹姆斯?沃森(James Watson),后者曾公開將文特爾比作希特勒。在人類基因組計劃競爭賽結束以后,文特爾被公司解雇。
把生命應用化
在他的書《光速生活》里面,文特爾提到“我們在首個合成細胞問世的過程中,遇到的種種困難。政府通常不愿贊助這類研究,因為解決其中問題需要花很長時間,我也曾懷疑自己無法說服執行委員會,讓他們相信這些問題終將解決。但我一直堅信它們會被解決,惟有成功能證明一切?!?/p>
這里面的提到的合成細胞,便是讓文特爾東山再起的一家公司:“合成基因組公司”(Synthetic Genomics,Inc.,SGI)。這家公司試圖理解并重寫生命的基本原理,想要創造出能夠生產燃料、化合物以及藥物的新型有機體。讓生命數據化如果是文特爾理解生命的開始,那么合成生命便是他將生命數據應用化的開端。
目前,文特爾的合成基因組公司已經將合成細菌細胞升級到更復雜的人體細胞上。為了讓人類能夠受益于這種合成技術,文特爾提出從改造豬的基因組開始,讓豬的器官具備人類器官的特征,他說,“我們在改寫豬的基因組,讓豬的器官可以用于人類器官移植?!?/p>
不僅僅是“全基因組檢測服務”
任何不以盈利為目的的商業模式都是耍流氓?!白笫帧苯M建文特爾研究院,“右手”創辦生物科技公司。這位瘋狂的企業家信奉現代實驗生理學創始人克勞德?納德(Bernard Claude)的一句格言:藝術是自己的,科學則是大家的(Art is I,Science is we)。用“科學”來收攬人才,用“企業”來實現利益,作為科學家“下?!钡奈奶貭枺钪涂茖W家合作的秘訣,他的見解是:“我認為長遠來看,人們能夠在我創造的環境中不斷進步,部分原因是我們沒有設終身職位。我們不像政府機構或高校,不會用這種獎勵讓一些人過早放棄奮斗。我們都知道,超越昨天的自己才是正道。真正優秀的人不會為獲得安全感而奮斗,他們奮斗的動力是在學術上取得突破?!?/p>
2013年年末,文特爾和另外兩位合伙人(PeterDiamandis和Robert Hariri)共同創立了“人類長壽公司”(Human Longevity, Inc., HLI),初衷是為了建立世界最大的人類遺傳和醫學信息數據庫(類比中國發改委依托深圳華大基因研究院組建的國家基因庫),進而實現把生命數據化,最終讓人類壽命向三位數延伸。
2014年上半年,Human Longevity公司獲得了8000萬美金的A輪融資。2016年4月4日,HumanLongevity公司完成發行總價值超過2.2億美金的B輪優先股。
有了“糧食彈藥”的Human Longevity公司,開始了一系列將“生命數據化”的行動。
2015年10月,HumanLongevity公司在總部開放了一個稱為“Health Nucleus“的中心。這是世界上一個將基因組數據和健康數據結合起來的中心,客戶不僅能夠得到全基因組測序數據,還能夠得到腸道微生物測序數據、生理數據、解剖數據和行為數據等各個維度的生命數據。這一系列通過非侵入式的檢測,也許正是文特爾提出來將生命數據化的第一步,他相信這些檢測能夠改善人類的健康,能夠對人類健康進行管理。
為了將來這些數據都能夠和大量的醫學信息結合起來,文特爾首先讓Human Longevity公司變成世界上最大的人類基因測序機構,從Illumina公司哪里買來了24臺新型的HiSeq X測序儀(國內只有諾禾致源能夠和Human Longevity公司的測序能力相匹配),成為了Illumina最大的客戶。
光有測序能力是遠遠不夠的。就在Human Longevity公司獲得A輪融資的第二年,文特爾就宣布收購生物標志物開發企業Cypher Genomics。這家被收購的公司主要是提供人類基因組分析軟件,其中的主打產品Mantis軟件是用來解釋基因組測序數據,以識別臨床上顯著的變異。此外,該公司還開發了一款發現生物標志物的產品,叫做Cypher's Coral?。這家公司同時也是英國10萬基因組計劃中的生物信息分析提供商。Human Longevity公司通過對Cypher Genomics的收購,將其14名員工收編旗下,包括聯合創始人兼CEO Ashley Van Zeeland,這位前CEO將領銜Human Longevity公司的兒童基因組業務。
這家已經融資近3億美金的公司,目前已經積累了超過2萬個基因組及表型數據,成立了以基因組研究為導向的健康研究中心,開始收集已有基因組數據志愿者的生理健康信息。文特爾的目標是在2020年前獲得100萬例生理健康記錄。這些數據都能夠成就文特爾建立起世界上最大、最完整的生物信息數據庫,這些信息轉化成知識庫的能力,也是文特爾公司具備的能力。所有這些,都讓文特爾的公司不僅僅只提供“全基因組測序服務”,而且能夠提供“全基因組健康管理”(國內奇云諾德也是首家提供類似的全基因組健康管理服務)。目前”Health Nucleus“的整套健康管理服務售價是25,000美金。隨著參與者不斷購買加入,數據庫和服務內容都在不斷更新升級,文特爾追求“長生不老”的旅途也許能夠找到一些答案。
打造全球范圍的“健康俱樂部”
文特爾在奇點大學的醫學會議上表示,目前基因組學的發展仍然停留在數量上的擴張,這是一件令人遺憾的事情。如果我們看看截至目前的基因組數據,就會發現全球范圍內已經完成了超過22.5萬個基因組測序數據。文特爾估計在2020年這個數目將達到500萬。
基因數據的爆發,帶來的是下游數據分析產業的崛起。特別是生物信息技術和互聯網技術的結合,帶來了基因大數據和健康大數據的交集。然而國家政策對于基因大數據崛起的影響,一直以來都沒有停止過。2012年10月31日中國政府網公布了《人類遺傳資源管理條例(征求意見稿)》,如果我們仔細研究條例的內容,能夠得到一個信息,國家開始對于人類遺傳資源(含有人體基因組、基因及其產物的器官、組織、細胞、核酸、核酸制品等資源材料及其產生的信息資料)開始進行管制了。從2016年3月7日開始,這個管理條例逐步進行實施,國家不僅對于基因樣本資源會有規范,對于基因信息資源也會逐步出臺相關的政策。
這意味著,中國人的基因數據,需要在中國境內和被中國企業進行消化、轉化和應用。我們的“測序武器”可以進口,“測序技術”可以進口,但是“測序數據”出境和挖掘卻受到管制。這個基因大數據和互聯網大數據相比,除了生物信息技術的門檻以外,又蒙上了一層政策風險。