16S測序分析(四)用MaAsLin尋找組間差異細菌

導讀

MaAsLin(Multivariate Analysis by Linear Models,多變量線性回歸模型)
功能:相關性分析
特點:多表型同時分析,矯正協變量
數據輸入:表型,微生物群豐度或功能
數據類型:連續型,布爾型(二分類型),離散型
數據要求:矯正到1

MaAsLin在線工具地址:https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

一、輸入數據

格式應如下:

圖片.png

二、數據上傳

上傳方法同上一篇LEfSe,如下:

圖片.png
圖片.png

三、MaAsLin分析

點點點,一鍵執行。

圖片.png

四、分析結果

在右側的數據欄中雙擊分析結果,保存,結果文件如下:

一個變量產生一個結果文件(僅介紹內容,數據與前面有不同)

其中output-biplot.pdf是結果匯總圖,由NMDS結合回歸擬合分析得到

打開其中一個文件,內容格式如下:

圖片.png

第一列:變量名
第二列:菌名稱
第三列:回歸系數
分類變量(+:組內>對照;-:對照>組內)
連續變量(+:正相關;-:負相關)
第四列:樣本數
第五列:非0樣本數
第六列:P值
第七列:多重矯正后P值

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