在開始前定一個主基調

????對于測序大家應該都不陌生,我所研究的課題主要是通過二代測序獲得基因組數(shù)據(jù)進而進行分析。

概述一下

????二代測序技術(next generation sequencing,NGS),又稱為高通量測序技術(high-throughput sequencing,HTS)或深度測序(deep sequencing),通過一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定,進而對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析。

? ? 一般我們對人類基因組的研究策略主要是三個:

????????全基因組重測序(whole genome re-sequencing,WGS)

??????? 全外顯子組重測序(whole exome re-sequencing,WES)

??????? 目標區(qū)域測序(target region re-sequencing,TR)

? ? 對于這三個策略如何應用,這完全看課題需要,沒有人說過這三個策略必須分開進行,實際上目前很多課題組在進行研究的時候,都會先分析WES和panel的數(shù)據(jù),再考慮進行WGS的測序分析,也有些課題組通過panel篩選病例,再進行WES或WGS的分析。以上只是兩個簡單的思路,適用于不同的課題需求。那到底怎么去選取研究策略,還是根據(jù)課題的需求,這充分說明了,課題設計的重要性,從我踩過的坑來看,一個好的課題設計,能讓你后續(xù)的分析少碰很多壁,而且我覺得課題是循序漸進的,具體怎么去做要根據(jù)預實驗好好的驗證。

? ? 而我的課題就是屬于沒有被好好設計的那種,那么我的研究對象主要是(全是)WGS的數(shù)據(jù)了,既然這已經改變不了了,那就好好分析,以找出差異基因,爭取早日脫離苦海。

? ? 那么之后我要分析的內容其實是以WGS的數(shù)據(jù)為對象,當然,這并沒有太大影響,因為很多分析是大同小異的。

WGS分析流程

????這里貼一張某測序公司培訓時給的WGS數(shù)據(jù)分析流程,我的樣本測序就是交給這家公司來完成的,這張照片比較早,大概是2018年四月時候的培訓,不知道這家公司現(xiàn)在還是不是這么分析的,但這并不重要,目前大體的分析流程大同小異,一般發(fā)表的文章也會提供分析方法,也是值得大家借鑒的。

? ? 而我后面的分析方法和流程與這里也是有差別的,但我為什么沒有貼我自己的流程圖呢,主要是因為我的流程細節(jié)部分還在不斷的修改過程中,我后面的文章會按照我的流程進行一步步的介紹,也會拋出我遇到的問題,希望能得到大家的指點,大家共同交流,批評指正!!!

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