如我題目所說，這次探討的問題是純生物信息學(xué)文章好不好發(fā)表。純生物信息學(xué)最大的好處就是跳過了基礎(chǔ)實驗這個最大門檻，省去大量時間和精力，以至于同學(xué)們對生信發(fā)文的堅信程度達到了無比執(zhí)著的境地。

那么，純生信文章現(xiàn)在究竟好不好發(fā)文章，是否容易被雜志編輯和審稿人接受？

我的結(jié)論是：很難，而且以后會更難，投稿的門檻只會越來越高。

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很簡單的那種套路可以發(fā)到3-4分文章，好的甚至可以沖擊5分水刊（就比如我在知乎的TCGA生信基礎(chǔ)視頻，順便提一句，大家可以關(guān)注我微信號：雷槍醫(yī)學(xué)信息技術(shù)，可獲取全部代碼）。正是因為這種情況，學(xué)習(xí)生信發(fā)文章的人數(shù)越來越多，這也投稿門檻加高的最大原因。

現(xiàn)階段的情況就是，4年能發(fā)5分的純生信文章，現(xiàn)在發(fā)1-2分都難，投稿不是審稿人秒拒就是被審稿人要求補充實驗驗證，否則就是拒稿。

雖然現(xiàn)階段又有腫瘤免疫浸潤、TMB突變負荷、Math異質(zhì)性分析等套路的生信純文章發(fā)表。這個地方大家要注意就是：

你看到只純生信文章被接收是極少數(shù)，卻沒看見被拒稿拒到懷疑自己的絕大多數(shù)。

如果你還是想照葫蘆畫瓢套路一下生信文章，而不想做實驗，那么你可以面臨的就是大量的時間成本浪費，辛辛苦苦寫出的來文章怎么也投不出去。這個可能對于生信初學(xué)者的心態(tài)是一個爆炸性的打擊。

如果你問我為何如此堅定，因為我自己學(xué)習(xí)生信這一門學(xué)科已經(jīng)接近4年了，這四年是生信發(fā)展的黃金時期。那么純粹的生物信息學(xué)面臨什么問題：如此不被編輯和審稿人看好。

倆大問題：

1 生信的算法離成熟差的太遠：例如結(jié)合疾病做全外顯子組測序，用于疾病診斷或者預(yù)測是假陽性率太高。算法雜而亂，生物信息學(xué)研究者各執(zhí)己見，僅僅序列比對這一軟件就有十幾種。差異分析這個算法包有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)嗎。大家在回想一下為啥GEO芯片很多張下載下來發(fā)現(xiàn)里面數(shù)據(jù)形式都不一樣？那么問題來了，誰的是準(zhǔn)確的，答案是：不知道。。。。因為嗨算法的老哥們是自己不去做實驗驗證的去證明算法是否能準(zhǔn)確的預(yù)測表型。

2 不可控因素太多：從你自己的取樣開始，到生信儀器操作員上機，這中間的每一步換一個人來操作可能結(jié)果都不一樣，就連測序儀器的規(guī)格就有幾十種，沒有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。

[圖片上傳失敗...(image-346ac-1604717779839)]

話又說回來，盡管我給想發(fā)純生信的同學(xué)潑了冷水，但這盆冷水如果你相信的話可能會節(jié)省你大量時間。從一開始，你想發(fā)生信相關(guān)文章，就要做好去實驗養(yǎng)做基礎(chǔ)實驗的準(zhǔn)備。

最后，推廣自己的公眾號：雷槍醫(yī)學(xué)信息技術(shù)，分享我對于目前醫(yī)學(xué)科研形勢的見解