這資源實在太贊,情不自禁想要分享與大家一同學習。我是一個不喜歡用手機看公眾號文章的人,但與每一個生信入門者一樣急切的需要干貨資源得以入門進階,這就是一個學習的寶庫。說句實話,如果在幾個月前我能看到這些資源,恐怕自己早已擺脫各種懵懂無知的狀態(tài),沒有停留困陷于于迷茫搜尋各種資料學習浪費時間和精力。慶幸地是已經(jīng)看到了這樣寶貴的開源資料,而且以極為可視易讀的形式呈現(xiàn)出來。生信技能樹這樣的公眾號也已經(jīng)在逐步擺脫論壇缺乏有效的組織和管理的狀態(tài)(之前的生信菜鳥團博客和生信技能樹論壇我都缺乏瀏覽的興趣,層級和知識體系感覺不清晰)。雖然已經(jīng)剛剛起步,但我已經(jīng)不再那么迷茫。希望有興趣或者有需求的人更多的參與進來,幫助自己,也幫助以后更多的人。
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生信媛公眾號文章目錄
公眾號緣起
課程系列
BIOSTAR課程
- 《【課程預告】手把手教你入門生信——The Biostar Handbook》 by 生物女博士
- 《課程1、2-Linux中生信分析常用命令入門》 by István Albert
- 《課程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安裝及使用》 by István Albert
- 《課程5、6-編寫可重復使用的腳本》 by István Albert
- 《課程7、8-二代測序質(zhì)控:fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk》 by István Albert
- 《課程9、10-測序文件的質(zhì)控&在線序列比對》 by István Albert
- 《課程11、12-下載序列,建blast數(shù)據(jù)庫以及本地blast》 by István Albert
- 《課程13、14-常用的mapping軟件bwa & sam格式簡介》 by István Albert
- 《課程15、16-samtools簡介&利用readseq對GenBank文件格式轉(zhuǎn)換》 by István Albert
- 《課程17、18-awk進行簡單的編程&序列比對軟件bwa和bowtie2》 by István Albert
- 《課程19、20-利用samtools mpileup和bcftools進行SNP calling》 by István Albert
- 《課程21、22-使用samtools和FreeBayes進行變異的calling并用snpEff注釋》 by István Albert
- 《課程23、24-SNP calling》 by István Albert
- 《課程25、26-bedtools的安裝和使用》 by István Albert
- 《課程27、28-RNAseq分析》 by István Albert
- 《課程29、30(大結局)-差異表達分析以及用ErmineJ做GO》 by István Albert
基因組分析·CIRCOS作圖基礎
- 《預告:基因組分析》 by 三土
- 《基因組分析·Circos作圖基礎(一)》 by 三土
- 《基因組分析:Circos作圖基礎(二)》 by 三土
- 《基因組分析:Circos作圖基礎(三)》 by 三土
- 《基因組分析:共線性作圖》 by 三土
我的LINUX學習筆記
- 《我的Linux學習筆記·序》 by 阿現(xiàn)
- 《我的Linux學習筆記·Linux操作系統(tǒng)基礎》 by 阿現(xiàn)
- 《我的Linux學習筆記·Bash特性和文件名通配》 by 阿現(xiàn)
- 《我的Linux學習筆記·文件權限》 by 阿現(xiàn)
- 《我的Linux學習筆記·用戶和組(1)》 by 阿現(xiàn)
- 《我的Linux學習筆記·用戶和組(2)》 by 阿現(xiàn)
- 《Linux修改目錄顏色》 by 阿現(xiàn)
- 《eval--一層一層剝開我的心》 by 阿現(xiàn)
小白生信學習記
- 《小白生信學習記1: 轉(zhuǎn)錄組基本知識及簡單的linux命令入門》 by 生物女博士
- 《小白生信學習記2:服務器及其使用介紹》 by 生物女博士
- 《小白生信學習記3:轉(zhuǎn)錄組分析流程》 by 生物女博士
- 《小白生信學習記4:Linux系統(tǒng)下,RNAseq分析軟件的安裝》 by 生物女博士
- 《小白生信學習記5:HTseq的安裝》 by 生物女博士
Linux
- 《Linux shell trick for bioinformatics 系列文章之一》
- 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之二》 by 天地本無心
- 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之三: 內(nèi)附部分sRNAs分析pipeline》 by 天地本無心
- 《我謹慎地使用了rm -fr,為什么還是導致了災難?》 by 天地本無心
- 《find和xargs連用雖好,但用起來要小心哦~》 by 天地本無心
- 《生信分析中基本Linux命令的使用》 by 徐洲更
- 《欲用神器,必練內(nèi)功》 by 徐洲更
- 《生信數(shù)據(jù)預處理的Linux三大神器》 by 徐洲更
- 《寫了100多個shell腳本的老司機的翻車之旅》 by 徐洲更
Python
- 《生信媛全家福》 by 生物女博士
- 《用Rodeo----python里面的rstudio,打造數(shù)據(jù)分析和可視化的利器》 by 天地本無心
- 《用python制作抽獎券,附全部代碼》 by 天地本無心
- 《用python爬取一個網(wǎng)站的所有生物信息學習資料,附代碼》 by 天地本無心
- 《來一張微信好友頭像全家福吧》 by 徐洲更
- 《用Python做爬蟲:基礎知識篇》 by 徐洲更
- 《Python如何解析fasta格式,并儲存為字典?》 by 徐洲更
- 《如何“開始”學Python》 by 徐洲更
- 《利用Python進行數(shù)據(jù)分析筆記(一)》 by 徐洲更
- 《像學R一樣學Python數(shù)據(jù)分析》 by 徐洲更
- 《像學R一樣學Python(高級數(shù)據(jù)管理)》 by 徐洲更
- 《Python數(shù)據(jù)分析之分組運算》 by 徐洲更
- 《祝我生日快樂》 by 徐洲更
- 《聽說你想學Python》 by 徐洲更
- 《pandas包里面的一個bug》 by 天地本無心
R
- 《R語言的數(shù)據(jù)管理》 by 徐洲更
- 《Bioconductor序列數(shù)據(jù)介紹》 by Sonali ,Martin
- 《如何使用R的apply》 by 徐洲更
- 《如何用bioconductor進行注釋》 by 徐洲更
- 《Y叔的新玩意--yyplot》 by 徐洲更
- 《你還在用韋恩圖可視化集合么?》 by 徐洲更
- 《深入學習ggtree: read.tree()是如何解析newick數(shù)據(jù)格式》 by 徐洲更
- 《R:關系型數(shù)據(jù)庫管理》 by 徐洲更
- 《編程語言 | R代碼風格》 by 徐洲更
- 《我的R包:zgtools使用指北》 by 徐洲更
Perl
算法
- 《算法導論 | 循環(huán)不變式與插入排序》 by 徐洲更
JavaScript
- 《編程語言 | JavaScript 學習(一)》 by 徐洲更
高通量數(shù)據(jù)分析
轉(zhuǎn)錄組分析
- 《繞過root權限,如何使用GFOLD進行差異表達分析一:GFOLD的安裝》 by 生物女博士
- 《差異基因表達分析(上)》 by 徐洲更
- 《基因表達分析(中)-富集分析》 by 徐洲更
- 《基因表達分析(前傳)-準備count矩陣》 by 徐洲更
- 《是時候來一波RNA-Seq差異表達分析實操了》 by 徐洲更
- 《新司機帶你學RNA-Seq數(shù)據(jù)分析》 by 徐春暉
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組:軟件安裝》 by 徐洲更
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組:讀文章拿到測序數(shù)據(jù)》 by 徐洲更
- 《轉(zhuǎn)錄組入門(3):了解fastq測序數(shù)據(jù)》 by 徐洲更
- 《我的轉(zhuǎn)錄組學習小書》 by 徐洲更
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組(5) 序列比對》 by 徐洲更
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組:了解參考基因組及基因注釋》 by 徐洲更
- 《轉(zhuǎn)錄組入門(6): reads計數(shù)》 by 徐洲更
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組(7):差異基因表達分析》 by 徐洲更
- 《(偽)從零開始學轉(zhuǎn)錄組(8):富集分析》 by 徐洲更
- 《水稻如何做KEGG富集分析》 by 徐洲更
- 《RNA-Seq選擇參考基因組》 by 劉小健
- 《要來杯RNA雞尾酒嗎?》 by 徐洲更
- 《Read Counts的提取—高通量測序數(shù)據(jù)處理學習記錄(二)》 by 徐春暉
- 《比對軟件STAR的使用—高通量測序數(shù)據(jù)處理學習記錄(一)》 by 徐春暉
單細胞測序數(shù)據(jù)分析
- 《單細胞測序數(shù)據(jù)分析:軟件安裝篇》 by 徐洲更
GATK
- 《快速入門GATK》 by 徐洲更
- 《GATK之BaseRecalibrator》 by 徐洲更
- 《GATK之HaplotypeCaller》 by 徐洲更
- 《GATK之FastaStats和CountReads》 by 徐洲更
- 《GATK之SelectHeaders和RandomlySplitVariants》 by 徐洲更
- 《落入窠(ke)臼(jiu):GATK best practice每個步驟都是必須的嗎?》 by 洲更與阿爾的太陽
CHIP-SEQ
高通量數(shù)據(jù)分析·其他
- 《生信軟件的好幫手-bioconda》 by 徐洲更
- 《ANNOVAR的使用》 by 徐春暉
- 《關于序列聯(lián)配的清單》 by 徐洲更
- 《世上沒有白走的路,每一步都算數(shù)》 by 徐洲更
- 《什么,你嫌bioconda下載速度太慢?》 by 徐洲更
- 《生信藍領,一個不舍得分享的高通量數(shù)據(jù)分析框架》 by 徐洲更
生信·其他
- 《系統(tǒng)進化樹構建的簡單實踐》 by 徐洲更
- 《你知道什么叫做BLAST嗎》 by 徐洲更
- 《課題做不下去怎么辦(植物篇)?》 by 徐洲更
- 《從NCBI下載測序數(shù)據(jù) | 也許是目前最詳細的版本》 by 生物女博士
統(tǒng)計
- 《由兩類錯誤所帶來思考》 by 徐洲更
- 《我是如何做生物統(tǒng)計作業(yè)的》 by 徐洲更
- 《方差分析》 by 徐洲更
- 《我是如何做生統(tǒng)作業(yè)的-2014試題》 by 徐洲更
- 《我是如何做生統(tǒng)作業(yè)的-2015年試題》 by 徐洲更
- 《我是如何做生統(tǒng)作業(yè)的-答案修正版》 by 徐洲更
遺傳
- 《小明的GWAS情劫》 by 呵呵噠1974
- 《我就是Super Star——基因定位之BSA》 by 李廣偉
嚴肅活潑
- 《我開發(fā)了一個不完善的功能》 by 徐洲更
- 《基因查找者v1.5》 by 徐洲更
- 《有了它,再也不怕斗圖了》 by 徐洲更
- 《和我一起搭建個人博客吧(一)》 by 徐洲更
- 《和我一起搭建個人博客吧(二)》
- 《3步搭建個人博客》 by 徐洲更
- 《利用Docker搭建Galaxy》 by 徐洲更
- 《我想買一臺Mac》 by 徐洲更
- 《如何用好MacOS(一)》 by 徐洲更
- 《七夕快到了,我們做題目吧》 by 徐洲更
- 《友軍生信技能樹居然要進軍婚戀市場》 by 徐洲更
- 《基因能告訴我什么》 by 徐洲更
圍爐雜談
- 《生信人修煉手冊》 by 徐洲更
- 《我的一些胡思亂想》 by 徐洲更
- 《D2多巴胺受體和王者榮耀》 by 徐洲更
- 《如何成為一名合格的司機》 by 徐洲更
- 《速度是70邁,心情是自由自在》 by 徐洲更
- 《科學網(wǎng):如何姿勢正確的抄襲他人代碼?》 by 徐洲更