天時，地利，人和，以人和為最。

公元26年9月，赤眉軍再入長安，但他們并沒有吸取一年前的教訓，終究因為糧草緊缺，3個月后，也就是公元26年12月，再次退出長安，準備向東方發展。

劉秀的部將鄧禹被赤眉軍打敗后，劉秀馬上派遣將軍馮異領兵西進，牢牢咬住關中長安這塊肥肉，劉秀在派兵西進的同時，再三叮囑馮異“收心為上，略地為下”，絕對不能成為第二個赤眉軍。針對赤眉軍東歸，劉秀在前期包圍防線的基礎上，以新安、昆陽、宜陽北中南三座城市為據點，重兵防守，以逸待勞，準備迎頭殲滅赤眉軍主力。

赤眉軍自起義以來，前前后后打過的大小戰役也算不少，活到現在的首領們再怎么也是懂得用兵手段的，于是經御史大夫樊崇、丞相徐宣等分析，劉秀集團此時正忙于鞏固洛陽都城，并派兵向周圍擴張勢力，在中原地區腳都跟尚未站穩，所以，赤眉回軍關東遇到的敵對力量很可能不會太大。故作出了以下東歸作戰策劃：放棄攻擊渭北鄧禹的殘軍；不理會延岑的騷擾部隊；直接向馮異的西路軍發起主要進攻；而后出函谷關后，仍按當年入關的路線東進，然后往東南方向發展。

赤眉軍往東走了沒多久，便遭遇馮異和鄧禹的聯軍，雙方在湖城爆發戰斗，馮異在出發前劉秀只給了他2萬人馬，鄧禹手底下也只有1萬多殘兵，所以這3萬人面對赤眉軍的主力不出所料被正面擊敗，但赤眉軍一心東歸，沒多大心思追擊他們，馮異、鄧禹保全了進半部隊逃離。

自古以來，長安作為一塊寶地，常常會與崤函之固聯系在一起，函指函谷關，長安的東大門，崤是崤山，長安的東墻，赤眉軍想出關中，這東門和東墻必須得過，過得去便是海闊憑魚躍，過不去，那就只能成為永不翻身的咸魚。馮異能成為東漢云臺二十八將靠前幾名，也不是吃閑飯的，湖城兵敗后，迅速向函谷關進兵，準備關上這座大門，同時一路上讓當地豪強堅壁清野，不給赤眉軍提供任何援助，赤眉軍因疲憊饑餓戰斗力降至低谷。

公元27年閏正月，赤眉軍即將到達函谷關，同時，也步入馮異為他們精心準備的羅網。這場戰役被稱為崤底之戰，其實就是典型的誘敵伏擊戰，馮異事先安排好了伏兵穿著赤眉軍服裝，派了小部人馬誘騙樊崇等人進了他的包圍圈，終于在崤山谷底圍殲迫降赤眉軍8萬人馬，樊崇等人率領10余萬主力向南奔逃。劉秀聽聞馮異擊敗赤眉軍的消息后，立即加強3個方向的防御，赤眉軍在向南逃亡的路上，正好遭遇宜陽守軍，在此前有攔路虎，后有野孤狼的絕望之景，請降是唯一的出路。赤眉軍被圍的第二天，樊崇與劉盆子及丞相徐宣以下30多大臣將軍正式向劉秀投降，進獻漢代的傳國璽綬、更始的七尺寶劍，同時交出自己的兵甲，接受劉秀統領，至此，波蕩起伏的赤眉起義宣告終結，他們算是幸運的，因為成就了一個更偉大的傳奇。