作者：一只想飛的喵
審稿：童蒙
編輯：angelica

箱線圖是統(tǒng)計(jì)學(xué)中較常見(jiàn)的圖形之一。這篇文章將講述如何簡(jiǎn)單比較兩組或多組的平均值，且添加顯著性標(biāo)記。

通常情況根據(jù)顯著性p值的數(shù)值大小，分為四類：
（1）0.01≤p<0.05，*
（2）0.001≤p<0.01，**
（3）0.0001≤p<0.001，***
（4）p<0.0001, ****
接下來(lái)會(huì)講述三種添加顯著性標(biāo)記的方法。

方法1-手動(dòng)添加

1：創(chuàng)建數(shù)據(jù)，繪制箱線圖。

library(ggplot2)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+geom_boxplot()

2：手動(dòng)添加顯著性標(biāo)記。

library(ggplot2)
### 設(shè)置橫線的四個(gè)點(diǎn)的位置
df2 <- data.frame(a = c(2,2,3,3), b = c(8,8.1,8.1,8))
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
  geom_boxplot()+
  ### 按照設(shè)定的位置繪制線
  geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + 
  ### 添加顯著性標(biāo)記信息
  annotate("text", x = 2.5, y = 8.2, label = "***", size = 8) 

該方法的缺點(diǎn)是：在手動(dòng)添加顯著性時(shí)，需要確認(rèn)顯著性的P值的大小。

方法2-使用ggsignif

1：下載并安裝ggsignif包。

install.packages("ggsignif")

2：創(chuàng)建數(shù)據(jù)，繪制箱線圖。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
  geom_boxplot()

3：利用ggsignif R包添加顯著性標(biāo)記。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
geom_boxplot() +
### 添加兩兩比較的列的信息
geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),
### P值<0.05，則顯示
map_signif_level=TRUE)

方法3-使用ggpubr

1：下載并安裝ggpubr包。

install.packages("ggpubr")

2：創(chuàng)建數(shù)據(jù)，繪制箱線圖。

library(ggpubr)
### 添加兩兩比較的列表
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")

3：利用ggpubr R包添加顯著性標(biāo)記。

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")+
  ### 添加多組比較的統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果
  stat_compare_means(label.y = 9.5)+
  ### 添加每個(gè)兩兩比較的顯著性標(biāo)記位置信息
  stat_compare_means(comparisons=my_comparisons, label.y = c(7.6, 8.4, 8.0), label ="p.signif")

該R包可以增加多個(gè)組間的p-value值，還可以增加指定組的組間比較。

相信大家了解了三種添加的方法，如果你們有什么更好的方法或者其他想要分享的，也歡迎給我們投稿。