生物醫(yī)學(xué)研究人員如果想要知道基因與疾病間的關(guān)系，往往需要查閱大量的文獻，耗時耗力。那生物醫(yī)學(xué)文獻的自動挖掘，基因與疾病關(guān)系的自動提取就成為一種需要。
一、DTminer簡介
這里，我介紹給大家一個網(wǎng)頁工具DTminer。2016年，這個工具在『Bioinformatics』雜志上發(fā)表。
慣例，先給出文章
DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining
網(wǎng)址：https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php
該網(wǎng)頁工具有上海交大的研究人員開發(fā)，主頁如下：
二、DTminer中的信息來源
- Gene library
基因信息主要來自于NCBI中的gene數(shù)據(jù)庫、HGNC、Uniprot數(shù)據(jù)庫
- Disease term library
Disease Ontology、MedDRA、UMLS、IDDB
- Biomedical literature database
MEDLINE 、the U.S. National Library of Medicine journal citation database
- Annotated data
Genetic Association Databases、MEDLINE
- Ground truth
DisGeNET
二、DTminer使用
1. 查找疾病相關(guān)基因(以lung cancer為例)
點擊『Disease Search』或者『Disease Syn』，輸入『lung cancer』，點擊submit后，出現(xiàn)所有與lung cancer有關(guān)的詞[Figure 1-1]。
此處我選擇第一個詞，出現(xiàn)Figure 1-2
在Figure 1-2中，我嘗試點擊『Evidence』下的"-->"，進入參考文獻界面，如下圖所示，
在Figure 1-2中，我嘗試點擊『Gene Name』下的"epidermal growth factor receptor"，進入基因相關(guān)疾病界面，如下圖所示，
2. 查找基因相關(guān)疾病(以tp53為例)
點擊『Gene Search』或者『Gene Syn』，輸入『tp53』，點擊submit后，出現(xiàn)所有與tp53有關(guān)的詞[Figure 2-1]。
同樣的，這里我選擇第一個詞，進入如下界面：
大家觀察一下就可以發(fā)現(xiàn)Figure 2-2與Figure 1-4是相似的，這里我就不再多介紹了。
三、DTminer可能使用場景
(1)剛研究某個疾病，需要全面了解一下與該疾病相關(guān)的一些基因；
(2)實驗或者數(shù)據(jù)庫中挖掘出一個感興趣的基因，想知道該基因是否與某個疾病相關(guān)；
。。。。。。
四、小任務(wù)
我想知道哪些基因與糖尿病性高血壓有關(guān)~~~
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