DTminer:疾病與基因關(guān)系的文獻挖掘工具

生物醫(yī)學(xué)研究人員如果想要知道基因與疾病間的關(guān)系,往往需要查閱大量的文獻,耗時耗力。那生物醫(yī)學(xué)文獻的自動挖掘,基因與疾病關(guān)系的自動提取就成為一種需要。

一、DTminer簡介

這里,我介紹給大家一個網(wǎng)頁工具DTminer。2016年,這個工具在『Bioinformatics』雜志上發(fā)表。

慣例,先給出文章
DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining
網(wǎng)址:https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php

該網(wǎng)頁工具有上海交大的研究人員開發(fā),主頁如下:


主頁

二、DTminer中的信息來源

  1. Gene library

基因信息主要來自于NCBI中的gene數(shù)據(jù)庫、HGNC、Uniprot數(shù)據(jù)庫

  1. Disease term library

Disease Ontology、MedDRA、UMLS、IDDB

  1. Biomedical literature database

MEDLINE 、the U.S. National Library of Medicine journal citation database

  1. Annotated data

Genetic Association Databases、MEDLINE

  1. Ground truth

DisGeNET


二、DTminer使用

1. 查找疾病相關(guān)基因(以lung cancer為例)

點擊『Disease Search』或者『Disease Syn』,輸入『lung cancer』,點擊submit后,出現(xiàn)所有與lung cancer有關(guān)的詞[Figure 1-1]。


Figure 1-1

此處我選擇第一個詞,出現(xiàn)Figure 1-2


Figure 1-2

在Figure 1-2中,我嘗試點擊『Evidence』下的"-->",進入參考文獻界面,如下圖所示,

Figure 1-3

在Figure 1-2中,我嘗試點擊『Gene Name』下的"epidermal growth factor receptor",進入基因相關(guān)疾病界面,如下圖所示,

Figure 1-4

2. 查找基因相關(guān)疾病(以tp53為例)

點擊『Gene Search』或者『Gene Syn』,輸入『tp53』,點擊submit后,出現(xiàn)所有與tp53有關(guān)的詞[Figure 2-1]。


Figure 2-1

同樣的,這里我選擇第一個詞,進入如下界面:


Figure 2-2

大家觀察一下就可以發(fā)現(xiàn)Figure 2-2與Figure 1-4是相似的,這里我就不再多介紹了。

三、DTminer可能使用場景

(1)剛研究某個疾病,需要全面了解一下與該疾病相關(guān)的一些基因;
(2)實驗或者數(shù)據(jù)庫中挖掘出一個感興趣的基因,想知道該基因是否與某個疾病相關(guān);
。。。。。。

四、小任務(wù)

我想知道哪些基因與糖尿病性高血壓有關(guān)~~~

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