本教程宗旨(請仔細閱讀)
本教程不是一個完備的Linux使用教程，而是側重于一般教程默認讀者會了的信息，包括基本概念的解釋(方便初學者了解自己的操作)、命令的各種錯誤及解決(通常寫教程的都是對這一領域比較熟悉的，一般不會提到這些初學者剛開始不好理解的簡單錯誤)、部分常用命令(會提到基本用法，具體的使用還請查看手冊或在線搜索)、常用快捷鍵(簡化操作)和組合命令(快速的批處理等，初學者一般不會想到、高級學者又不屑于提起的部分)。
為什么要用Linux系統
個人認為，Linux操作系統和類Linux操作系統的命令行界面是最適合進行生物信息分析的操作系統。原因有三點：
長期運行的穩定性
多數軟件只有Linux版本
*強大的Bash命令簡化繁瑣的操作，尤其是大大簡化重復性工作
但對于初學者來說，接觸和理解Linux操作系統需要一些時間和摸索。陡然從可視化點選操作的Windows進入到只有命令行界面的Linux，最大的陌生感是不知道做什么，不知道文件在哪？本文希望能通過幾個示例幫助大家適應Linux系統。
如何獲取Linux系統
如果自己的單位有共有服務器，可以嘗試申請賬號。
自己的電腦安裝雙系統或虛擬機
購買一塊云服務器
試驗下在線學習平臺實驗樓 (里面也有不少Linux教程，任意點一個進去，雙擊桌面的Xfce圖標，都可以啟動Linux終端)
初識Linux系統
登錄Linux系統后，呈現在眼前的是這樣一個界面:Last login: Mon Jun5 16:56:56 2017 from 219.241.208.209
Welcome to aliyun Elastic Compute Service!
ct@ehbio:~$
ct:用戶名ehbio：如果是登錄的遠程服務器，則為宿主機的名字~:代表家目錄,在我們進入新的目錄后，這個地方會跟著改變$:用來指示普通用戶輸入命令的地方；對根用戶來說一般是#
我的電腦在哪？
打開Windows，首先看到的是桌面；不愛整理文件的我，桌面的東西已經多到需要2個屏幕才能顯示的完。另外一個常用的就是我的電腦，然后打開D盤，依次點開對應的文件夾，然后點開文件。Linux的文件系統組織方式與Windows略有不同，登錄進去就是家目錄，可視為Windows下的桌面。在這個目錄下，我們可以新建文件、新建文件夾，就像在桌面上的操作一樣。
注：
*這里我們假設所有用到的文件和文件夾都放置于家目錄下
C:\Users\ct如果想查看當前目錄下都有什么內容，輸入命令
ls，回車即可(ls可以理解為單詞list的縮寫)。當前目錄下什么也沒有，所以沒有任何輸出。ct@ehbio:~$ ls
l看成了i，輸入了is，則會出現下面的提示未找到命令。如果輸入的是Linux基本命令，出現這個提示，基本可以判定是命令輸入錯了，瞪大眼睛仔細看就是了。在敲完命令回車后，注意查看終端的輸出，以判斷是否有問題。ct@ehbio:~$ is
-bash: is:未找到命令
#大小寫敏感
ct@ehbio:~$ lS
-bash: lS:未找到命令
mkdir是新建一個目錄(make a directory)；data是目錄的名字。如果目錄存在，則會出現提示，”無法創建已存在的目錄”。這時可以使用參數
-p忽略這個錯誤。ct@ehbio:~$ mkdir data
ct@ehbio:~$ mkdir ls
data
ct@ehbio:~$ mkdir data
mkdir:無法創建目錄"data"
:文件已存在
ct@ehbio:~$ mkdir -p data
cat是一個命令，主要用來查看文件；在這與`<ct@ehbio:~$ mkdir data
ct@ehbio:~$ cat <
> a
> bc
> END
a
bc
`>`是一個重定向符號，即把前面命令的輸出寫入到`>`后面的文件中。如下所示，新建了一個`Fasta`格式的文件。
`ls -l`列出文件的詳細信息；`-l`表示命令行參數，是程序預留的一些選項，保證在不更改程序的情況下獲得更靈活的操作。可使用`man ls`查看`ls`所有的命令行參數,上下箭頭翻頁，按`q`退出查看。(man:
manual,手冊)
```bash
ct@ehbio:~$ cat <data/test.fa
> >SOX2
> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
> ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
> >OCT4
> ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
> AGAGTAGAGAGA
> >NANOG
> ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
> CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
> ACGGTAGCGAGTC
> >mYC HAHA
> ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
> CAGGACAGGAGCTA
> end
> END
##注意命令和參數之間的空格
ct@ehbio:~/data$ ls-l
-bash: ls-l:未找到命令
ct@ehbio:~$ ls -l
總用量4
## d: dir;表示data是個目錄
## rwx：表示目錄的權限，暫時忽略，或自己在線搜索
drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月8 14:52 data
ct@ehbio:~$ ls -l data
總用量4
##開頭的`-`表示test.fa是個文件
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月8 14:48 test.fa
cat文件名；需要注意的是文件所在的目錄，默認是當前目錄；如下面第一個命令，會提示cat: test.fa:沒有那個文件或目錄，是因為當前目錄下不存在文件test.fa。(注意文件末尾的end)ct@ehbio:~$ cat test.fa
cat: test.fa:沒有那個文件或目錄
ct@ehbio:~$ cat data/test.fa
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
>NANOG
ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
ACGGTAGCGAGTC
>mYC HAHA
ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
CAGGACAGGAGCTA
end
test.fa在目錄data下，可以先進入data目錄，然后再查看文件。類比于Windows下先點開一個文件夾，再點開下面的文件。cd (change dir)切換目錄。head查看文件最開始的幾行，默認為10行，可使用-n 6指定查看前6行。ct@ehbio:~$ cd data
ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
less和more也可以用來查看文件，尤其是文件內容特別多的時候。ct@ehbio:~/data$ less test.fa
# q:退出
#上下箭頭、空格翻頁
