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總有人說想要純生信套路，今天它來了。分享一篇最新的純生信單基因獨立預后發(fā)文思路的文章，這篇文章發(fā)表在journal of cancer(影響因子：3.565)，發(fā)表時間于2020年10月17日。
研究背景：
核糖核苷二磷酸還原酶亞基M2（RRM2）是核糖核苷酸還原酶的催化亞基，可調(diào)節(jié)酶活性，這對于DNA復制和修復至關重要。然而，RRM2在肺腺癌（LUAD）中的作用仍不清楚。
研究方法：
在這項研究中，我們探討了TCGA，GEO，Oncomine，UALCAN，PrognoScan和 Kaplan-Meier Plotter在LUAD中RRM2的表達模式和預后價值，并通過Cox分析證實了其獨立的預后價值。LinkedOmics和GEPIA2用于研究與RRM2相關的共表達和功能網(wǎng)絡。此外，我們使用TIMER來評估RRM2與主要六種腫瘤浸潤免疫細胞之間的相關性。最后，通過TIMER門戶通過腫瘤純度校正的部分Spearman秩相關系數(shù)，檢查了免疫調(diào)節(jié)劑，趨化因子和28種腫瘤浸潤淋巴細胞（TIL）和RRM2的免疫特征之間的相關性。
研究結果：
在TCGA-LUAD的腫瘤組織中發(fā)現(xiàn)RRM2上調(diào)，并在多個獨立隊列中進行了驗證。此外，無論是在TCGA還是其他隊列中，均發(fā)現(xiàn)高RRM2表達與不良的生存率相關。Cox分析表明，高RRM2表達是LUAD總體生存，疾病特異性生存和無進展生存的獨立危險因素。功能網(wǎng)絡分析表明，RRM2通過涉及多種與癌癥相關的激酶和E2F家族的途徑來調(diào)節(jié)真核生物中的RNA轉運，卵母細胞減數(shù)分裂，剪接體，核糖體生物發(fā)生以及細胞衰老信號傳導。同樣，RRM2表達與B細胞，CD4 + T細胞和嗜中性粒細胞的浸潤水平相關。隨后的分析發(fā)現(xiàn)，B細胞和樹突狀細胞可以預測LUAD的預后。通過Cox分析將B細胞確定為六種類型免疫細胞中的獨立危險因素。最后，相關分析表明RRM2與我們進行的免疫標記的67.68％（624/922）相關。
研究結論：
我們的研究表明，RRM2可以獨立預測LUAD的預后，并與免疫浸潤有關。特別是，RRM2和B細胞標記基因之間的緊密關系是免疫反應的潛在中心，也是影響預后的關鍵因素之一。我們的發(fā)現(xiàn)為進一步研究RRM2在LUAD中的免疫調(diào)節(jié)作用奠定了基礎。
分析內(nèi)容如下：
1、對RRM2做差異分析，并在多個數(shù)據(jù)庫中進行驗證
2、RRM2表達與臨床特征的相關性分析
3、生存分析
4、單因素、多因素Cox 回歸分析
5、RRM2共表達分析、GO、KEGG分析
6、RRM2與免疫細胞的相關性分析
