參考：https://r-pkgs.org/package-structure-state.html#binary-package
Package structure and state
Package states
R包一共有5種states:
- source
- bundled
- binary
- installed
- in-memory
install.packages()和devtools::install_github()都是從source, bundled, binary這些states轉成 installed states。而library()則是使installed package變成in-memory
Source package
源碼包就是一個目錄下面有著特定的結構，就像我們自己開發R包最開始產生的那個目錄結構一樣，包括DESCRIPTION文件、R/目錄下放著函數的.R文件等等。
如果需要查看源碼包，直接找上CRAN即可(當然如果是bioconductor包，去找相應的Github就是)，eg.
- forcats: https://cran.r-project.org/package=forcats
- readxl: https://cran.r-project.org/package=readxl
其中一個會給出來的鏈接就是：在Github上公開的
- forcats: https://github.com/tidyverse/forcats
- readxl: https://github.com/tidyverse/readxl
有的作者可能忘記添加這種URL了，不過肯定也是可以找到的。
如果有的包不是在公共平臺上發布的，也可以在一些非官方的、僅可讀的鏡像上如 METACRAN上找到。比如：
Bundled package
Bundled package就是經過壓縮打包的R包。在linux上經常就是.tar.gz格式，意味著這個state就是把很多文件打包起來（.tar）然后再gzip壓縮（.gz）。這種state主要是方便傳輸，一般是一種中間形式。
如果要對本地開發的R包制作這種state，可以使用devtools::build()，相當于是調用了 pkgbuild::build() 并最終 R CMD build，更詳細的信息可以參考：https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Building-package-tarballs
但是實際情況是，一個bundled包并不是簡單地tar打包然后gzip壓縮做成的，在R里面，制作一個.tar.gz文件實際上還有更多其他操作。
舉例來說，forcats_0.4.0.tar.gz下載后，終端解壓：
tar xvf forcats_0.4.0.tar.gz
這樣解壓以后，你會發現實際上就和source package的結構相當，重要states內容比較如下：
總結來說，source package和uncompressed bundle之間主要的區別就是：
- Vignettes have been built, so rendered outputs, such as HTML, appear below
inst/doc/and a vignette index appears in thebuild/directory, usually alongside a PDF package manual.- A local source package might contain temporary files used to save time during development, like compilation artefacts in
src/. These are never found in a bundle.- Any files listed in
.Rbuildignoreare not included in the bundle. These are typically files that facilitate your development process, but that should be excluded from the distributed product.
.Rbuildignore
這個就和版本控制工具如Git的.gitignore相似，這個文件決定了什么文件會進一步被用到下游形式中（如bundle），什么文件會被拋棄。
文件是用正則表達式寫的，如下面這樣：
^foofactors\.Rproj$
^\.Rproj\.user$
^LICENSE\.md$
^README\.Rmd$
每一個以^開頭$結尾的文件都是會被后期拋棄的，這種文件只是在開發過程中起作用。為了避免正則表達式寫錯，最安全的排除指定文件的做法是：
usethis::use_build_ignore("notes")
總的來說：這個文件就是讓你的開發更方便，你需要不停做測試和修改，然而有些中間文件并不能上傳到CRAN上。
.Rbuildignoreis a way to resolve some of the tension between the practices that support your development process and CRAN’s requirements for submission and distribution
可能涉及到的中間文件包括：
- Files that help you generate package contents programmatically. Examples:
- Using
README.Rmdto generate an informative and currentREADME.md.- Storing
.Rscripts to create and update internal or exported data.- Files that drive package development, checking, and documentation, outside of CRAN’s purview. Examples:
- Files relating to the RStudio IDE.
- Using the pkgdown package to generate a website.
- Configuration files related to continuous integration/deployment and monitoring test coverage.
舉例：tidyverse 注意這里只是為了展示，真實情況不一定
^.*\.Rproj$ # Designates the directory as an RStudio Project
^\.Rproj\.user$ # Used by RStudio for temporary files
^README\.Rmd$ # An Rmd file used to generate README.md
^LICENSE\.md$ # Full text of the license
^cran-comments\.md$ # Comments for CRAN submission
^\.travis\.yml$ # Used by Travis-CI for continuous integration testing
^data-raw$ # Code used to create data included in the package
^pkgdown$ # Resources used for the package website
^_pkgdown\.yml$ # Configuration info for the package website
^\.github$ # Contributing guidelines, CoC, issue templates, etc.
Binary package
如果需要把R包分享給其他沒有R包開發經驗的用戶，就需要用到binary package，而且這種包的形式是平臺特異的。比如Windows和macOS。如果需要制作一個二進制包，需要使用如下代碼：
devtools::build(binary = TRUE)
不過一般最開始制作這種二進制包并發布的是CRAN，用戶并不需要。在CRAN上提交package bundle，然后它會幫你發布二進制的包。
Installed package
安裝后的包就是二進制包解壓以后的package library。下圖展示了包下載的一些方式，實際情況還要復雜很多：
Package libraries
查看可用的包：
# on Windows
.libPaths()
#> [1] "C:/Users/jenny/Documents/R/win-library/3.6"
#> [2] "C:/Program Files/R/R-3.6.0/library"
lapply(.libPaths(), list.dirs, recursive = FALSE, full.names = FALSE)
#> [[1]]
#> [1] "abc" "anytime" "askpass" "assertthat"
#> ...
#> [145] "zeallot"
#>
#> [[2]]
#> [1] "base" "boot" "class" "cluster"
#> [5] "codetools" "compiler" "datasets" "foreign"
#> [9] "graphics" "grDevices" "grid" "KernSmooth"
#> [13] "lattice" "MASS" "Matrix" "methods"
#> [17] "mgcv" "nlme" "nnet" "parallel"
#> [21] "rpart" "spatial" "splines" "stats"
#> [25] "stats4" "survival" "tcltk" "tools"
#> [29] "translations" "utils"
我們可以看到R的library分成了兩類：
- A user library
- A system-level or global library
第一類就是用戶自己后來添加的包，從CRAN、bioconductor等各處的都有。第二類是核心包，比如base，系統默認自帶的。目的是方便管理，其他安裝的包的添加或刪除不會干擾到原來的基礎包。
從path中也可以反映出，如果要對R進行升級更新，比如從3.5 到3.6（minor version），那么需要重新安裝包。但是如果是R 3.6.0到3.6.1（patch release），就不需要重新安裝。
