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細(xì)胞通訊分析【二】——CellChat分析結(jié)果可視化本期內(nèi)容同步發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號。 回顧——細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 前面的帖子中我們已經(jīng)成功地進(jìn)行了細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，總的來看借助下面簡易的...
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細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里...
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單細(xì)胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期內(nèi)容同時(shí)發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號。 在進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)，非常重要的一步就是聚類分群，而在這個(gè)過程當(dāng)中經(jīng)常令人困惑的是...
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小試牛刀——學(xué)會(huì)開Seurat函數(shù)“盲盒”
水有源，故其流不窮；木有根，故其生不窮。 長期以來，我們的單細(xì)胞分析僅僅停留在調(diào)包、套函數(shù)、……，這個(gè)過程會(huì)“蒙住”我們的眼睛，有些時(shí)候我們需要...
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神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：genesorteR前面給大家介紹過神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：COSG[http://www.lxweimin.com/p/bfcf90...
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future——加速你的單細(xì)胞分析由于單細(xì)胞數(shù)據(jù)本身就具有數(shù)據(jù)量大的特點(diǎn)，所以在進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析時(shí)往往會(huì)出現(xiàn)運(yùn)行時(shí)間太長的問題。 不過好在 Seurat 為我們提供了部分函數(shù)與...
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神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中，當(dāng)我們聚類分群完成之后，緊接著就是細(xì)胞類型注釋，細(xì)胞類型的注釋就離不開 基因marker ，即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群...
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單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 ...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細(xì)胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會(huì)遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect），那么什么是批次效應(yīng)呢？簡而言之，批次效應(yīng)...
