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空間數(shù)據(jù)可視化：2D or 3D？
盡管我們對3D的和交互的動圖有某種偏好，但是長久以來主流期刊雜志依然以2D的靜態(tài)圖為主。這當(dāng)然與現(xiàn)在的媒體技術(shù)有關(guān)，雖然多媒體技術(shù)已經(jīng)允許我們這...
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SPATA：基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架SPATA - SPAtial Transcriptomic Analysis : 空間轉(zhuǎn)錄組分析-提供了一個R函數(shù)和交互應(yīng)用的工具，使空間轉(zhuǎn)...
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空間轉(zhuǎn)錄組如何尋找感興趣區(qū)域（ROI）
有過計算機(jī)視覺和影像組學(xué)數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗的朋友，對感興趣區(qū)域（region of interest，ROI）不會感到陌生。感興趣區(qū)域就像它的字面意思...
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trendsceek || 識別基因空間表達(dá)趨勢空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)使得我們可以在組織成像的基礎(chǔ)上考察基因表達(dá)情況，同時也需要新的分析策略。trendsceek是一種基于標(biāo)記點過程的方法，識別具有顯...
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STUtility || 空間轉(zhuǎn)錄組多樣本分析框架（二）前情回顧：應(yīng)用空間統(tǒng)計學(xué)分析空間表達(dá)數(shù)據(jù)[http://www.lxweimin.com/p/1f48ff89be8a]空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的...
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STUtility || 空間轉(zhuǎn)錄組多樣本分析框架（一）應(yīng)用空間統(tǒng)計學(xué)分析空間表達(dá)數(shù)據(jù)[http://www.lxweimin.com/p/1f48ff89be8a]空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用[ht...
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空間轉(zhuǎn)錄組教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率最近開發(fā)的空間基因表達(dá)技術(shù)，如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在保留空間背景的同時，全面測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法往往不能有效利用空間信...
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用ImageJ處理空間成像數(shù)據(jù)我們經(jīng)常看到Visium 空間轉(zhuǎn)錄組報告中有圖像數(shù)據(jù)，那么它是怎么得的呢？今天給大家演示一下用ImageJ來處理空間圖像數(shù)據(jù)，盡管這只是Imag...
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SpatialExperiment || 空間數(shù)據(jù)管理我們知道單細(xì)胞數(shù)據(jù)的激增和它的高維特征催生了針對單細(xì)胞數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)格式：Seurat對象、singlecellexperiment對象以及annd...
