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Seurat中FindMarker尋找兩個cell type差異基因的若干方法加載示例數據 1.運行Seurat 2.差異分析計算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細胞barcod...
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Seurat各個對象指代內容關于表達矩陣 其中， 表示的是raw counts，是cellranger或者其他計數軟件得到的原始count文件； 這一步得到的是經過文庫標準...
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單細胞轉錄組及空間轉錄組學習資源
(1). 單細胞上游軟件cellranger：單細胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.lxweimin.com/p/9a...
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單細胞分析文獻分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.natur...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》單細胞流程這篇文獻是今年12月份發的，也就是一個星期前，是劉小樂教授推薦閱讀的 推特地址： 本篇文章講解了單細胞RNA-seq的一般分析流程，當然文中還推...
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從10X單細胞bam文件中提取某一個細胞類型的bam
我們之前簡單做了一下cellranger的上游分析單細胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.lxweimin.com/p/...
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分享個單細胞配受體互作強度的計算方法
前言 這一塊涉及到細胞通訊的內容，那么目前定義細胞通訊利用的是細胞配體，受體蛋白互作來定義的，這里盜取一張示意圖（圖片來自百度） 聯想到單細胞數...
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單細胞RNA-seq去除批次效應這是一篇2018年發表在NBT上的文章，講述的是兩套單細胞數據如何去除批次效應 文章鏈接： 前言 由于不同的實驗室，以及各個技術人員手法不同，在...
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monocle 軌跡圖改顏色我們在采用monocle做細胞擬時序分析的時候，常常會不滿意于原圖的配色，而軟件自帶的配色是根據降維后分出的cell type進行顏色的分類的 ...
