114篇文章 · 33761字 · 16人關注
-
FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerException: Cannot load from short array because "sun.awt.FontConfi...問題最初產生于conda安裝了java-jdk和fastqc后，fastqc仍然無法使用，用java --version確認之后發現java的V...
-
GEO數據上傳1、創建賬號將數據上傳到GEO[https://www.plob.org/tag/geo]數據庫，首先要創建并登陸NCBI帳號， 然后進入提交的...
-
bigwig轉bed文件
bigwig轉bed文件首先需要將bigwig轉為wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]將wig文件轉 bed文件 參考：https:...
-
scHCL || 鑒定人的單細胞數據細胞類型
以自己的seurat對象的分群來鑒定細胞類群 參考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github...
-
對10X單細胞reads進行隨機抽樣
此功能使用樣本中的信息通過指定的道具對每個分子的讀數進行下采樣。然后，它基于具有非零讀取計數的分子構造一個UMI計數矩陣。目的是消除技術噪聲中的...
-
cellranger拆分BCL數據cellranger mkfastq Illumina測序下機后的數據為 原始數據（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后...
-
蛋白ID轉基因ID
將Ensembl 中的蛋白ID轉化成基因ID,可以通過clusterProfiler這個包。如以大鼠的基因與蛋白轉化為例;安裝clusterPr...
-
URD包分析單細胞數據因為沒有找到提供的測試數據集，就用之前用seurat分析過的不同時期的心臟單細胞數據跑一邊吧。E9.5_P21.combined@assays$...
-
clustree為聚類可視化在單細胞的研究中，經常需要做的就是聚類。在聚類的時候，對于聚出多少個cluster，一個相關的參數是resolution，當數值小的時候，clu...
