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hifiasm對HiFi PacBio進(jìn)行組裝hifiasm是一個能有效利用PacBio HiFi測序技術(shù)，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的...
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HiC-Pro的Singularity簡明使用指南
關(guān)于原理部分和更詳細(xì)的介紹，見HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預(yù)處理高效工具[http://www.lxweimin.com/p/40ab8cb3...
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一個基于igv.js實(shí)現(xiàn)的python腳本，實(shí)現(xiàn)簡單的網(wǎng)頁版IGV當(dāng)我想查看軟件運(yùn)行結(jié)束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件時，我都需要先把他們下載到本地，然后用IGV打開。每每這個時候，我就會...
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DIAMOND: 超快的蛋白序列比對軟件
相見恨晚，還好遇到了它 今天用BLASTX將我的轉(zhuǎn)錄本序列在UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫(700w條序列)中搜索，80個線程，過了1小時大概就分析1...
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使用nextpolish對三代組裝進(jìn)行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武漢未來組開發(fā)的一個三代基因組polish工具（另外一個常用軟件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短讀序列或...
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「基因組組裝」使用Canu2.0版本的需要注意一個重要改動在GitHub上向作者請教這個問題后，作者的答復(fù)是：舊版Canu其實(shí)沒有真正的檢測到bubble，因此contig其實(shí)包含著buble，建議后續(xù)...
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使用SNPhylo構(gòu)建群體系統(tǒng)發(fā)生樹
SNPhylo是一個基于SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建群體系統(tǒng)發(fā)生樹的流程工具，它能接受VCF,HapMap和簡單SNP數(shù)據(jù)格式作為輸入，經(jīng)過一系列的過濾（低質(zhì)...
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使用snpEff對VCF進(jìn)行注釋
使用snpEff分為兩種情況，一種是snpEff已經(jīng)構(gòu)建了相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如人類和小鼠），另一種是則是snpEff未提供相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如自己組...
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注釋手工校正工具Apollo-數(shù)據(jù)導(dǎo)入篇Apollo界面介紹 Apollo的界面（下圖）分為兩個部分，分別是基因組編輯工作區(qū)(Genomic Editing Workspace)和信息...
