參考文章:http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/https://cloud.tence...

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1、GWAS4D 網址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 2、SNPnexus 網址:https://www....
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨于流程化。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在:htt...
我梳理了GWAS全基因組關聯分析的整個流程,并提供了基本的命令,用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
這是我根據之前的WGS系列和GATK4實踐文章進行重新梳理之后確定下來的分析流程,這是一個WGS的最佳實踐,它基于GATK4和我的實際經驗,稍作...
前期準備,生成vcf格式 1.把突變記錄的vcf文件區分成 INDEL和SNP條目 2.統計INDEL和SNP條目的各自的平均測序深度 3.把I...
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨于流程化。 軟件安裝 點擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 ...
SNPs marker是全基因組范圍應用廣泛的分子標記,本文介紹生態基因組學中利用GATK4軟件進行SNPs calling的流程(人的研究中可...