背景： 染色質和染色體的結構和功能 每一條染色單體由單個線性DNA分子組成。細胞核中的DNA是經過高度有序的包裝，否則就是一團亂麻，不利于DNA...
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ATAC-Seq 數據分析（上） -
如何使用MACS進行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能，因為MACS2的目的就是找peak，其他功能...
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MACS2文檔學習文檔鏈接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分...
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Week4— chromVAR:預測染色質可及性相關的轉錄因子第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associ...
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Week25 — 人類原發性腫瘤的染色質可及性圖譜-02Week24 — 人類原發性腫瘤的染色質可及性圖譜-01上篇文章首先回顧了ATAC-seq方法的原理和優點，以及與其他研究染色質可及性方法的比較...
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Week24 — 人類原發性腫瘤的染色質可及性圖譜-01第24周 2018 — 10.28-11.3 原文鏈接：The chromatin accessibility landscape of pri...
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第2篇：原始數據的質控、比對和過濾這部分內容包括對原始測序數據質控，然后比對過濾，這是所有NGS數據處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如...
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MACS2 Call Peak 參數詳細學習
隨著測序技術的進步，染色質免疫沉淀技術被廣泛用于研究全基因組蛋白-DNA互作。macs 基于一種新的模型可以很好的識別轉錄因子結合位點。macs...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學習目標 學習用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結合區域 用PCA評估樣本間的關系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異p...
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第8篇：用網頁版工具做功能分析和motif分析上一篇介紹了使用ChIPseeker對peaks的分布和鄰近基因的注釋。除此之外，下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質結合的motif；鑒定...
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