本分析從HISAT2比對的counts開始，先整合所有的counts數據，再獲取再半數以上樣本中CPM>1的基因，再進行差異分析，pathway...
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RNA-seq分析至尊套餐
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SRA 數據下載自救指南還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過用wget 下載數據經常下載不完整？用了官方的下載工具還是慢的不行？這里有一個SRA 下載自...
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biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq數據分析了嘛?mRNA-seq是目前最常用的高通量測序技術，一般的用法就是看看基因表達譜，尋找差異表達的基因。我和高通量測序數據分析結緣，也是因為RNA-se...
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轉錄組練習（3）原文地址：http://www.lxweimin.com/p/1174a53abe7d 作業要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件...
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RNA-seq流程各階段軟件的最優選擇RNA-seq如今已經成了最受寵愛的生信分析了，而如今琳瑯滿目的各種生信軟件擺在具有新時代選擇困難癥的同學們眼前我們又犯難了。我們該選擇哪套流程...
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h38構建索引
先下載h38的參考基因組文件 一般情況下只要執行以下命令即可： 但是，我這里要提取各條染色體排序。 好了，構建完畢。 重點：samtools d...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學院服務器 高通量相關基礎知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是...
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轉錄組學習一（軟件安裝）
轉錄組學習一（軟件安裝） 轉錄組學習二（數據下載） 轉錄組學習三（數據質控） 轉錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉錄組學習五（...
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RNA-seq分析文章結果重現
文章：Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabido...
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RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫在前面: 來自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學會用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda...
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