MUMmer 4 是一個快速比對 DNA 或蛋白序列的軟件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分別是比對核苷酸和氨...
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序列比對軟件 MUMmer 簡單上手（一）
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RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewMa...
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2023-07-21 變異位點(snp,indel)檢測-GATK，snpEff
軟件安裝 根據INDEL信息批量設計引物 SnpEff注釋軟件安裝 如何去除indel位點？gatk如何統計某個變異位點頻率？https://b...
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2023-07-21 IsoSeq3利用pacbio測序數據進行全長轉錄本序列分析
使用IsoSeq3利用pacbio測序數據進行全長轉錄本序列分析，為了得到更準確的基因注釋作準備，但價格昂貴，且無法進行表達量分析
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GWAS | 4.群體遺傳結構、PCA、進化樹
所有的分析都需要對snp進行LD過濾 常見的群體結構的分析方法有admixture分析、系統發生數分析以及主成分分析等。 1、admixture...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結構注釋數據（GTF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋，即主要解釋了SNP...
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全基因組重測序數據分析
注：本次使用的數據為不同品種李子重測序 1.準備工作 首先下載相應的參考基因組及注釋文件{本次使用的參考基因組為三月李的，參考基因組從薔薇科植物...
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同源基因鑒定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
寫在前面 寫這個貼子純粹為了記錄一下自己的雙面打工人的生活，然后再總結一下自己的工作方法還有哪些地方存在問題，希望下次再遇到這些小問題的時候可以...
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2023-02-08對候選基因(GWAS\轉錄組)進行GO注釋（氣泡圖和柱形圖）目前網上的教程大多是模式植物，或者是非模式物種的重新構建的教程。今天分享一個新的方法，對非模式植物研究中獲得的基因（例如：GWAS、轉錄組差異基...
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生信步驟｜MAFFT結合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質都是由相似的小型結構域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數據庫中上是否也有...
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