寫在前面 時間撥回去 2015年，那時我接觸生信已有一年，TBtools 開發尚在萌芽階段。那會，我寫了幾款小的軟件，包括 “blast3go”...
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點點點 | 真香！Simple GO GSEA 富集分析 ~ -
GRO-seq 分析GRO-seq 分析 第一篇就以最近做過的GRO-seq分析為例來展開吧。 GRO-seq的原理和用處 GRO-seq 全稱 Global ru...
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了解和繪制火山圖師弟：師兄，火山圖怎么得到的？我都快愁死了......師兄：你不是學過R語言嗎？師弟：道理倒是都懂，看書歸看書，但是實際應用起來大腦就一片空白，...
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基因注釋
前情提要 搞NGS，注釋文件是我們經常需要用到的。但是不同的實驗室偏愛的數據庫各不相同，甚至同一個課題組的小伙伴都會選擇不同來源的數據庫。那么不...
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高通量測序數據處理學習記錄（一）：比對軟件STAR的使用high-throughput seq analysis急先鋒——STAR的使用介紹 在所有物是人非的景色里，我最中意你。 正體 這次給大家帶來...
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轉錄組分析 | 使用STAR進行比對
歡迎關注微信公眾號“生信小王子”！ 前幾期，小編已經教大家完成了RNA-seq數據的質控，下面就要正式開始轉錄組分析啦！ 通過二代測序我們可以獲...
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【原創】R語言實戰：read counts如何轉化為TPM和FPKM, TPM和FPKM相互轉化
載入數據 mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<...
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NGS 數據過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數據過濾對后續分析至關重要，去除一些無用的序列也可以提高后續分析的準確率和效...
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歸納:RNA-seq去重前言 我們知道二代RNA-seq這個過程中會經過PCR擴增,但是PCR具有偏好性,這樣就導致了有點序列擴增的多,有的少.在總擴增倍數相同的基礎上...
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如何構建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調表達矩陣構建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢...
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