腫瘤不是單純的惡性細胞群，而是由不同類型細胞組成的復雜生態系統。在這些細胞中，腫瘤浸潤免疫細胞在腫瘤控制和治療反應中起著核心作用。例如，細胞毒性...
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免疫浸潤分析方法 -
測序數據簡單分析流程2021/03/25 一、測序數據下載 NCBI SRA 數據庫 【使用說明[https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Tr...
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estimate 包所有函數超詳細解讀及計算免疫浸潤評分estimate包可以通過RNA-seq的數據來計算標本的免疫及機制評分，進而評估腫瘤的純度，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signtu...
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CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數據要什么 下面這段話摘自CIBERSORT...
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對于多表型數據如何利用limma包進行差異基因分析
寫在前面最近在做GSVA，做到我有點自閉，不是因為這個算法有多難，而是他所耗費的時間有點夸張。加上校園網這兩天時不時“調皮”一下，做了兩次，等了...
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數據分析：基于DESeq2結果的基因富集分析介紹 DESeq2常用于識別差異基因，它主要使用了標準化因子標準化數據，再根據廣義線性模型判別組間差異（組間殘差是否顯著判斷）。在獲取差異基因結...
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箱線圖、熱圖、火山圖、PCA、韋恩圖全部擁有0.輸入數據 在生信星球公眾號聊天窗口回復exp777即可獲取，里面的數據如下： 我的小R包，從寫著玩到用起來，日漸豐滿了。今天的更新，1.5以...
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maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式：分析時間序列的RNA-seq tool[http://www.lxweimin.com/p/...
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高通量測序數據處理學習記錄（三）：Pathway Analysis及GSEAPathway Analysis討論及基因富集分析軟件（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）使用實戰 在所有物是...
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GSVA + limma進行差異通路分析
一般我們做GSEA都是先進行差異基因分析，然后取差異倍數排序結果進行GSEA。但如果你沒有條件進行差異基因分析也可以進行GSEA，這就是ssGS...
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