繼續(xù)上面MetaNeighbor 1的學習，我們做第二個測試數(shù)據(jù)，第二組場景的測試。 ========測試數(shù)據(jù)2============ 第二個...
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細胞類型重復性驗證----MetaNeighbor（2） -
scanpy踩坑實錄日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù)，三個樣本數(shù)據(jù)不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本，這樣一搗騰，Seua...
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Sincast：利用bulk RNAseq定義細胞功能亞群前言 說到對單細胞亞群進行定義，那對很多分析單細胞數(shù)據(jù)的小伙伴來說都是最頭疼的事情之一了。因為定義細胞的正確與否直接關系到后續(xù)分析所有結果的準確...
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單細胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關于WGCNA的帖子，其實WGCNA本身就是對基因進行了加權共表達，合理分組的結果。 如果對于一個表達量矩陣，本身就至于2個...
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單細胞: 將meta.data plot 到UMAP圖上的幾種方法這里準備了一個文件，是要將這個文件中的信息plot到umap圖上，文件有3列 今天的目標就是: 將第一列barcode plot到umap上 將...
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最新6.5分SCI，單細胞識別marker構建模型預測免疫治療療效，故事講的順，文章好接收！
本文的思路是通過單細胞數(shù)據(jù)分析識別了某種免疫細胞特有的marker基因，然后利用這些基因進行預后模型的構建。事實上，預后模型的文章已經(jīng)不好發(fā)了，...
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文獻學習071--[sc]小鼠動脈粥樣硬化免疫圖譜一、scRNAseq和Mass cytometry揭示小鼠動脈粥樣硬化免疫圖譜 1. Single-Cell Transcriptomes Id...
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單細胞之rds，loom和h5ad數(shù)據(jù)格式轉換
Seurat依舊是單細胞分析的利器，也有越來越的的單細胞分析工具基于python開發(fā)。在數(shù)據(jù)分析時，有時需要將seurat的結果遷移到pytho...
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Seurat 計算線粒體基因比例時，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計算線粒體基因比例并添加到meta.data，但是我們在使用 sce[["perce...
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SCPA（二）：揭示兩群細胞代謝活性差異
前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示兩群細胞通路差異的優(yōu)化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?_...
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