在TCGA數據庫下載文件有很多種方法： 一.利用R語言下載（本文重點介紹這個） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個方法！！目前沒發現明...
投稿
收錄了9篇文章 · 235人關注
-
TCGA數據庫下載：多種方法及優缺點介紹 -
TCGA數據挖掘二：基因差異分析加載之前下載并保存的文件 注意：這里介紹的差異分析方法有三種，其中limma是最經典的，但是limma是必須接受log之后的值，才能正確算出差異...
-
TCGA數據挖掘三：針對不同因素和不同方法的生存分析加載并處理數據 針對臨床資料某一因素，如年齡，性別等進行生存分析，并畫圖 針對基因的生存分析：方法一：挑選感興趣的基因做生存分析 針對基因的生存...
-
-
TCGA數據挖掘五：突變數據畫圖一.整理并加載數據 （這里沒有把整理數據步驟放進去，直接加載的已經整理好的maf文件） 二.把基因突變情況可視化 三.畫基因突變瀑布圖 縱是基因...
-
TCGA-301-數據下載方式導言TCGA-301-數據下載方式導言 老大已給出鏈接 下載這些數據需要用GDC軟件 下載數據后的理解很重要
-
TCGA-205-文章規律講解
TCGA-205-文章規律講解 三種規律1.Signatures2.WGCNALASSOCOX3.ceRNA(近五年熱點) 1.Part 1 -...
-
TCGA-204-使用firehose網頁工具TCGA-204-使用firehose網頁工具 ucsc中的xena整理的數據非常全，但這個瀏覽器只能做感興趣的一個一個基因，當我們沒有感興趣的...
-
TCGA視頻課程筆記（上）TCGA-101-課程介紹-需要哪些背景知識 基于TCGA28篇教程 掌握以下基礎知識： 概念、研究范圍、數據來源、數據存儲、數據格式、癌癥相關...
專題公告
視頻在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ，如果大家R語言能力不夠，就主要學習網頁工具 https://www.cbioportal.org/ 等等，如果R語言還行，就看代碼: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example
如果確實有需要，還可以看看我們的付費內容：地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1755769/WechatIMG160.png', '推薦專題《TCGA腫瘤數據庫知識圖譜視頻課程學習筆記》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.lxweimin.com/c/8b22b48beeb7?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}