安裝[https://zhuanlan.zhihu.com/p/58803491]下載已知蛋白結構[http://blog.sciencenet...
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轉錄本差異分析（salmon）
Swimming downstream: statistical analysis of differential transcript usa...
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IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經我用 rMATS 進行可變剪切分析，現在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyze...
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轉錄本差異DRIMSeq使用
官方文件[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DRIMSeq/in...
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每周文獻-190330-DTU分析及轉錄組de novo拼接解析等文獻題目 Relative Abundance of Transcripts (RATs): Identifying differential ...
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gtf轉化為bed在igv可視化
bedops可以將gtf較為方便轉化為bed文件，但是對在igv中展示基因結構不太適合采用如下python代碼可以很好解決問題原始鏈接代碼拷貝如下
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Nanopore base call
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Nanopore QC
nanopore QC有好幾種方法簡單來說需要base call 后的sequencing_summary.txt文件pycoQC看起來比較酷炫...
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Nanopore PolyA Tail Length Analysis
使用pipeline-polya-ng在運行前下載軟件，使用的是conda的flair_env環境，polya ng 使用的是snakemake...
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