介紹 從集合角度考慮同一類型基因的功能性區別，這也是基因富集分析的出發點。單個基因解析生物學功能還是偏弱，說服力不夠。 過表達分析ORA富集基因...
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2021-11-16：基因富集方法比較 -
如何優雅展示GO富集結果圖片好像加載不出來，可移步：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/11495256...
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富集分析的原理與實現
一般做完差異分析都會做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進而與生物學意義聯系起來。具體的統計方法很簡單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個...
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3大差異分析r包：DESeq2、edgeR和limma做差異分析需要的數據：表達矩陣和分組信息TCGA的數據只要表達矩陣就夠了，因為其TCGA的樣本ID比較特殊，樣本ID的第14和15位是>=10還...
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GSVA + limma進行差異通路分析
一般我們做GSEA都是先進行差異基因分析，然后取差異倍數排序結果進行GSEA。但如果你沒有條件進行差異基因分析也可以進行GSEA，這就是ssGS...
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一文極速讀懂 KEGG 數據庫
目錄 一、介紹 在進行生物學實驗或者生物信息的學習中，都會聽說KEGG富集分析，而且該方法在高通量測序分析中已然成為數據分析中必不可少的一環。 ...
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edgeR對表達量矩陣進行基因表達差異分析通過前期的基因定量，我們通過**RSEM**或者Kallisto這些工具得到了每個基因或者轉錄本的表達量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個樣本...
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GSEA-基因集富集分析1.為什么寫？ 網上教程一抓一大把，有的能重復，有的不能重復不了，很多原因。別人能做的不代表你能復制，實踐出真知。 不做搬運工，只寫有用的，防止...
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「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實現了導出gene2module 目的 最近有個項目又準備跑WGCNA，...
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enrichplot||基因富集結果可視化解決方案enrichplot包實現了幾種可視化方法來幫助解釋富集結果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler...
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