比較基因組分析,首先需要選定要比較的物種,然后下載這些物種的基因組數據。 基因組數據準備 數據準備1.基因結構注釋文件, gff/gtf格式2....

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比較基因組分析,首先需要選定要比較的物種,然后下載這些物種的基因組數據。 基因組數據準備 數據準備1.基因結構注釋文件, gff/gtf格式2....
這里是佳奧!我們繼續clean數據的比對。 1 使用bowtie2進行比對 用bowtie2進行比對和統計比對率, 需要提前下載參考基因組然后使...
基因結構注釋的方法包括: 從頭預測根據基因結構的特征,基于算法(大多為隱馬爾可夫模型)進行預測 蛋白注釋根據物種自身(或近源物種)的蛋白序列,進...
通過編寫一個簡單的爬蟲程序,進一步熟悉 lxml 解析庫的使用。使用 lxml 庫抓取貓眼電影 Top100 榜:下面直接上代碼: 執行結果如下...
這里是佳奧!我們又開始了新的分析流程學習。 與ChIP-Seq相似,ATAC-Seq也是通過染色質片段來進行表觀相關的分析。 我們先來看一下分析...
這里是佳奧!新的一年,ATAC-Seq的學習也進入了尾聲。 讓我們開始吧! 1 peaks注釋 統計peak在promoter,exon,int...
數據來源表達量差異分析的表格,需要log2(foldchange),Pvalue,FDR 上下調基因篩選,上調基因篩選條件log2(foldch...