擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程 -
開刊詞||單細胞新藥研發(fā)導(dǎo)論將單細胞研究的基本思路與新藥研發(fā)的成熟管線結(jié)合起來。 人，是萬物的尺度。 自生命科學(xué)誕生之日起，就開始支撐生物醫(yī)藥的孵育和發(fā)展，而生物醫(yī)藥也是生命科學(xué)的最終出口。海量單細胞技...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)，我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中，對象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬。我們對一張表是熟悉的，Excel極大...
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解螺旋《KEGG信號通路數(shù)據(jù)庫使用教程》學(xué)習(xí)筆記KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因與基因組百科全書 特點： 綜合數(shù)據(jù)庫，建立了跨物種聯(lián)系。 基于可計算的形式捕...
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R Markdown 使用
一、簡介 R Markdown是通過R來書寫可重復(fù)動態(tài)報告的?種格式。利?它在幻燈?、pdf、html?檔、Word?件中嵌?R代碼和結(jié)果。 二、生成中文PDF： 1. 下載...
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初生牛犢--模仿cell research (IF 17+) 文章的一張圖前言 我之前寫過這篇文章的精讀筆記：單細胞好文2--Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity an...
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老板親自傳授的文獻閱讀方法前言 論一個氣場合適的導(dǎo)師的重要性。想起一個微信朋友前截圖 A：導(dǎo)師牛不牛，師兄師姐牛不牛，跟你牛不牛沒有關(guān)系 B：你錯啦，導(dǎo)師牛不牛，師兄師姐牛不牛，很大程度上決定我牛不牛...
