1893年4月，朝鮮（今朝鮮和韓國）爆發東學道武裝起義，多次打敗朝鮮政府軍隊，朝鮮政府請求中國清政府出兵鎮壓。早在1885年中日在天津訂過一個關于朝鮮的條約，規定如果朝鮮出現重大事件，一國要出兵，須互相通知。這個條約，其實已經說明中國放棄了在朝鮮獨享的宗主權，卻默認日本對朝鮮的部分控制權益。
1890年，俄國的西伯利亞鐵路即將完成，日本很眼紅。當時的首相山縣有朋專門針對俄國勢力提出了《外交攻略論》，指出，一個國家除了要維護其疆土主權，還應該維護與自身利益相關卻處于領國的利益線。這個利益線，他認為就是朝鮮。之后，日本政府基本確定了吞并朝鮮的計劃。
日本已經把朝鮮的內亂當作進軍朝鮮繼而吞并朝鮮的機會。為了打消李鴻章的顧忌，日本駐朝鮮代理公使杉村故意在袁世凱面前示好并且鼓動清政府出兵。袁世凱不知是計，對日使承認了中國準備出兵，并且電告李鴻章“杉與凱舊好，察其語意，重在商民，似無他意”。據此，李鴻章決定出兵。
6月4日，李鴻章奏派直隸提督葉志超和太原鎮總兵聶士成，帶一千五百名淮軍去朝鮮，另派丁汝昌調軍艦到仁川掩護，同時把出兵情況通知了日本。日本早已做好準備入侵朝鮮，接到李鴻章的照會，立刻出動。9日，不顧朝鮮政府的抗議，日本先頭部隊侵入漢城，緊接著，數千名日本兵在仁川登陸。
日本“背信棄義”地出兵朝鮮給了李鴻章一個天大的難題。此時，日本已經吞并了琉球，在朝鮮的活動越來越猖獗，吞并朝鮮的野心已經很明顯。然而，英美對于野心勃勃的日本的態度幾乎是縱容。在這樣的情況下，有關對日政策，英美說什么，李鴻章答應什么，依然希望“以夷制夷”。
“以夷制夷”的結果卻讓日本得寸進尺。7月25日，在牙山口外的豐島海 ，日本突然向中國船隊襲擊，有一艘滿載中國士兵的英國商輪被擊沉。李鴻章認為日本人不敢打英國船，就重價租用英國船運兵。可是，這樣的小計怎能蒙混得了狡猾而狂野的日本人？可見李鴻章當時確有些迂腐。
海上突然襲擊的同時，漢城的日本陸軍也開始進攻中國軍隊。聶士成部剛與日軍接觸就倉皇敗逃，駐扎在公州的葉志超部也棄陣而逃，一直逃到平壤。李鴻章讓葉志朝統帥平壤各軍，一萬四千多清軍就這樣窩在平壤等著日軍進攻。開戰后，除了左寶貴等少數官兵英勇奮戰至死，葉志超等又棄城而逃，潰不成軍，一直退回到鴨綠江以北。四十尊大小炮、萬余桿槍和所有糧餉都留給了日軍。
9月下旬，日軍渡過鴨綠江侵入中國。四川提督宋慶統帥的四萬軍隊不戰而退，把丹東、九連城、鳳凰城等地丟給了日軍。
9月17日，日本艦隊逮著機會襲擊了北洋艦隊。丁汝昌在定遠號的飛橋上，飛橋年久失修，剛打一炮，飛橋居然被震斷，丁汝昌墜落摔成重傷。海戰一個下午，十三艘船中有兩艘逃走，三艘被擊沉，其余損傷或輕或重。日本十二艘船中，一艘被打癱，一艘被擊沉，有幾艘遭重創。可見，如果英勇抗敵，清軍并非不堪一擊。
然而，被突襲之后，李鴻章沒有積極組織全國的海軍積極抗日，卻命令所有北洋艦隊龜縮在威海衛港不許出戰，如此昏聵之舉直接導致北洋海軍的全軍覆滅。
海軍不出動，相當于把渤海灣敞開給日軍。日本人似乎知道旅順港的大炮是中國人剛從德國買來的，便向旅順港進攻。先從花園口登陸，沒有遇到任何阻擊，再直撲金州，兩天后占領了大連，修整10天，又用4天拿下旅順。金州大連旅順一帶的清軍，一戰即退，潰不成軍，只有徐邦道率部進行了英勇的抗擊，給敵多次挫折。
1894年12月，日軍同樣以陸路抄襲的方法進攻威海。2萬多日軍在成山角登陸。躲在威海港內的全部北洋艦隊（大小兵艦十五艘和魚雷艇十三只）守著李鴻章的命令沒有出來阻擊。日軍登陸10天后，攻占了威海的所有炮臺，并且用海軍封鎖了港口，此時的北洋海軍就成了甕中之鱉。
這時，威海口外的劉公島還在清軍手里。如果配合這個力量，港內的北洋艦隊再奮起突圍而戰也是可行的。但是，北洋艦隊的官員在英美顧問的勸誘下，竟然挑唆劉公島上的官兵嘩變，脅迫丁汝昌投降，丁汝昌被逼服毒自殺，劉公島的北洋海軍投降了日本。尚存的十一艘兵船以及劉公島上的一切軍用器械物資完好地送給了日本。
花費國家巨資建立起來的北洋海軍就這樣徹底覆滅了，李鴻章的私人勢力轟然而塌，他的淮軍親信將領們絕大多數是貪生怕死的腐敗官員。可見，腐敗之害是要亡國的。甲午慘敗的直接原因就是腐敗，而腐敗的原因是專制。
李鴻章受到全國人民的譴責，湘系的兩江總督劉坤一出任欽差大臣，駐山海關，擔任統帥，湖南巡撫吳大徽以及先前在鴨綠江邊帶軍不戰而退的四川提督宋慶為副。他們從湖南、湖北、安徽調動了大量軍隊出關，形勢似乎還能扭轉。
遺憾的是，不只是李鴻章系腐敗，滿清的專制、人治和官制注定了腐敗是全國性的，湘系官員同樣貪生怕死迂腐無能。六萬多清軍進攻海城的日軍，結果在日軍的反撲下全部潰退，鞍山、營口、錦州直到山海關一線不保，清政府只好停戰議和。
甲午慘敗，從軍事上來說，并不只是海戰的失敗，陸地上的潰敗才是主要的原因。從朝鮮就開始潰敗，敗退到中國領土上，然后繼續屢戰屢退。
日本要求清政府派李鴻章談判。中國的失敗，在軍事上，李鴻章負有直接的領導責任。1895年4月17日，李鴻章頂著全國人的臭罵屈辱地同日本簽訂了《馬關條約》，規定，遼東半島、臺灣以及所屬島嶼割讓給日本，賠償日本軍費兩萬萬兩，日本獲取在華各通商口岸的一系列特權。
臺灣被割讓后，臺灣的人民群眾自發地英勇抗擊了日軍。如丘逢甲、徐驤、姜紹祖等年輕的知識分子率領群眾組成義軍，原來的“土匪”簡精華、林義成、黃榮邦等，還有劉永福的軍隊都曾英勇地抗擊過日軍，徐驤、姜紹祖等戰死。劉永福堅持到最后，被迫逃回大陸。劉永福先是在越南抗擊法軍，后又在臺灣抗擊日軍，作為一名軍人，他算是盡責了，也是個英雄。
小日本打敗了大中國，不僅震驚了中國人，也讓當時的世界大跌眼鏡，各國開始對中國有了輕侮之心。開仗前，世界還是看好中國的，日本自己也有賭一把的心態，希望老天讓中國還是像10年前中法戰爭時候一樣地窩囊和無能。
83/84年間的中法戰爭是日本對中國心態的轉折點。中法戰爭之前，日本認為中國比日本強大很多，對中國有懼怕心理。1879年吞并琉球后，怕引起中國的抗議，還曾提過把南部的宮古群島和八重山群島轉讓給中國的方案。中法戰爭爆發后，馬尾港覆滅，臺灣以及澎湖曾經被法軍占領。日本看出了滿清中國的軟弱和無能，確定滿清將無法保住臺灣，因此產生了吞并臺灣的野心，而且敢于發動甲午戰爭。
