環(huán)境：

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版本：

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library(TCGAbiolinks)
> projects <- TCGAbiolinks::getGDCprojects()$project_id
> projects <- projects[grepl('^TCGA', projects, perl=TRUE)]
> projects

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測試一個下載，發(fā)現(xiàn)直接就有按照層次命名好的目錄

query <- GDCquery(project = "TCGA-OV",
                  data.category = "Transcriptome Profiling",
                  data.type = "Gene Expression Quantification",
                  workflow.type = "STAR - Counts")#GDC在2022.3.28更新了，workflow.type只能選擇STAR - Counts
GDCdownload(query)

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只支持star

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嘗試全部下載到默認位置并使用默認命名

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有多種類型數(shù)據(jù)

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命名也很全

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臨床數(shù)據(jù)

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直接下載的表達數(shù)據(jù)中就包含臨床數(shù)據(jù)

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看重合

表達

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臨床

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做生存分析時的參數(shù)選擇：
vital_status
OS.time: 當患者dead時，days_to_death為OS.time；當患者alive時，days_to_last_follow_up為OS.time