工程A和工程B完全不同，可以作為兩個分支放到git中嗎？
可以的。

下面以github page為例：
octopress是一個博客系統，它可以生成一個博客。
但是github page約定，這個生成的博客，必須放到username.github.io這個repository的master分支中才能作為博客訪問。

因此，我們就需要再建一個分支，把octopress放到這個分支上。
而把octopress生成的博客放到master分支上。

（1）github中建立username.github.io這個repository

（2）克隆到本地

$ git clone https://github.com/thzt/thzt.github.io.git

注：
這時候還是一個分支

$ git branch
> * master

（3）創建orphan分支，名為source

$ git checkout --orphan source

注：
如果不提交東西，這個分支實際上沒有創建

（3）修改一些東西，并提交

$ git add .
$ git commit -m "init"
$ git push origin source

注：
git push origin source表示把本地代碼（origin）提交到source分支
git push origin master表示把本地代碼（origin）提交到master分支

（4）現在就有兩個分支了master和source

切換到master分支

$ git checkout master

切換到source分支

$ git checkout source

注：
用checkout切換分支時，本地文件系統會瞬間發生變化。